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zhang_jaj木蟲 (正式寫手)
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[求助]
vmd做pdb格式文件的動畫求助
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| 我用towhee產(chǎn)生的是一系列pdb格式的文件，想把這些文件做成動畫，不知道vmd有沒有可以直接做pdb格式動畫的插件？之前自己是把每個pdb格式的導(dǎo)入然后到處圖片，最后把這許多圖片合成動畫，感覺這個工作量太大了，方法太笨了。想知道vmd里面那個可以把我這些從pdb調(diào)整參數(shù)到輸出圖片的批處理工具該怎么用，希望那個好心人能夠指導(dǎo)一下，不甚感激！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-09-17 08:50:36
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-09-17 08:50:36
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"之前自己是把每個pdb格式的導(dǎo)入然后到處圖片，最后把這許多圖片合成動畫，感覺這個工作量太大了，方法太笨了" 這個方法很好啊，只是你對VMD 的腳本程序不懂吧，你寫個腳本程序，讓VMD 自動去生成一系列的圖片，然后使用把這一系列圖片導(dǎo)入的photoshop中，自動就可以生成動畫了啊。 附一個簡單的VMD輸出一系列圖片的腳本： set num_frame 80 for {set i 1} {$i <=$num_frame } {incr i 1} { mol load pdb youfile_$i.pdb set filename frame[format "%03d" $i].bmp render snapshot $filename } 在這段腳本之前，你需要設(shè)置好你要輸出的pdb文件的角度，顏色，大小等信息即可輸出你滿意的圖片和做成動畫。 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-9-17 at 07:34 ] |
zhang_jaj3樓2012-09-17 07:33:08
zhang_jaj
木蟲 (正式寫手)
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4樓2012-09-17 08:50:28
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 16:23:18
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 16:23:18
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比如你的 一系列pdb文件的名字分別是： youfile_1.pdb youfile_2.pdb youfile_3.pdb youfile_4.pdb youfile_5.pdb . . . youfile_80.pdb 就可以使用上面的簡單腳本自動載入。 設(shè)置參數(shù)和輸出圖片的設(shè)置，也在這個腳本內(nèi)設(shè)置就行了。 我給你寫的簡單腳本是個思路提示，具體的你自己去寫具體就行了。 這個方法可以實現(xiàn)，因為我做過gromacs 輸出的一幀一幀的坐標文件，然后使用VMD輸出高清圖片，做成動畫。 |
5樓2012-09-17 09:21:22
meixinqing
金蟲 (著名寫手)
梅心晴｜一只蘑菇
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7樓2012-09-17 22:19:13
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