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澤潤(rùn)東方

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] 結(jié)構(gòu)優(yōu)化過(guò)程中的一個(gè)小問(wèn)題

計(jì)算模型：有機(jī)分子/金屬基底。
目的：優(yōu)化有機(jī)分子的結(jié)構(gòu)，優(yōu)化的過(guò)程中，不對(duì)金屬基底的幾何結(jié)構(gòu)做優(yōu)化。

部分輸入文件的信息如下。

******************************************
Gaussian 09:  AM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
            30-Dec-2011
******************************************
%mem=11100MW
%nprocshared=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
%chk=c42.chk
----------------------------------------------------------------------
#p opt RHF/gen guess=save pop=(nbo,full) geom=connectivity 5D 7F scf=(
direct,tight,maxcycle=200)
----------------------------------------------------------------------
**************有機(jī)分子的幾何坐標(biāo)**（略去）**********
****************************************************
以下是部分金屬基底原子的坐標(biāo)。
Cu                -5.17992 5.23672 2.07599
Cu                -2.58484 5.23672 2.07599
Cu                   0.01024 5.23672 2.07599
Cu                   2.60532 5.23672 2.07599
Cu                   5.20041 5.23672 2.07599
Cu                   3.90287  -6.00031 2.07599
****************************************************
****************************************************
下面定義對(duì)金屬基底原子固定，做結(jié)構(gòu)優(yōu)化過(guò)程中這些金屬原子固定不動(dòng)。
Cu 20 F
Cu 21 F
Cu 22 F
Cu 23 F
Cu 24 F
Cu 25 F
Cu
LANL2DZ
******
C H N
6-311G**
******
……………………輸入文件完畢�！�
**********************************************
**********************************************
**********************************************

但是計(jì)算不能正常進(jìn)行。輸出文件結(jié)尾關(guān)于錯(cuò)誤的提示如下。

General basis read from cards:  (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbol F
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g09/l301.exe at Fri Dec 30 11:58:40 2011.
**********************************************
**********************************************
**********************************************
請(qǐng)各位高手指教，該如何解決這個(gè)問(wèn)題。
萬(wàn)分感謝。

[ Last edited by 澤潤(rùn)東方 on 2012-1-4 at 16:44 ]

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希望就在不遠(yuǎn)處，成功就在路盡頭。

1樓 2011-12-30 12:07:04

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澤潤(rùn)東方

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請(qǐng)高手不吝賜教啊，謝謝。帖子不要沉。

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2樓2012-01-10 20:42:40

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nyzhaoyin

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不太清楚不過(guò)你這個(gè)明顯是輸入文件格式有問(wèn)題檢查檢查空行什么的有些地方該有有些不該有

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3樓2012-01-11 11:04:10

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引用回帖:

3樓: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-01-11 11:04:10:
不太清楚不過(guò)你這個(gè)明顯是輸入文件格式有問(wèn)題檢查檢查空行什么的有些地方該有有些不該有

為了方便大家閱讀，這里貼出來(lái)的文件格式跟我的輸入文件不完全一樣。
問(wèn)題的關(guān)鍵是計(jì)算的過(guò)程中，錯(cuò)誤提示如下“Unrecognized atomic symbol F ”。
事實(shí)上，這個(gè)“F”不是什么原子符號(hào)，而是定義這些原子在結(jié)構(gòu)優(yōu)化的過(guò)程中保持位置不變。
不知道各位高手有沒(méi)有用過(guò)這個(gè)方法做結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
如果各位有什么建議，希望大家不吝賜教。

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4樓2012-01-11 13:14:05

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nyzhaoyin

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引用回帖:

4樓: Originally posted by 澤潤(rùn)東方 at 2012-01-11 13:14:05:
為了方便大家閱讀，這里貼出來(lái)的文件格式跟我的輸入文件不完全一樣。
問(wèn)題的關(guān)鍵是計(jì)算的過(guò)程中，錯(cuò)誤提示如下“Unrecognized atomic symbol F ”。
事實(shí)上，這個(gè)“F”不是什么原子符號(hào)，而是定義這些原子在結(jié) ...

這個(gè)沒(méi)認(rèn)出來(lái)的F 實(shí)際上就是由于格式錯(cuò)誤 gaussian把它當(dāng)成了元素

格式正確（輸入文件無(wú)錯(cuò)誤的話）肯定不會(huì)這么出錯(cuò)

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5樓2012-01-11 13:34:41

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
澤潤(rùn)東方(金幣+2): ★有幫助 2012-01-16 11:10:22

其實(shí)樓主可以把你輸入文件完整給出來(lái)。這樣方便大家?guī)湍慵m錯(cuò)。

另外，我記得固定要原子，似乎要加關(guān)鍵詞modredundant,或者addredundant，格式是opt=（modredundant）

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6樓2012-01-16 10:33:58

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Co 0.01103 0.06895  13.09560
N 1.92433 0.05957  13.21899
N -0.00212  -1.84745  13.16228
N -1.90278 0.07952  13.20453
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C 2.77428 1.17640  13.23163
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C -1.12958  -2.68317  13.12233
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C 1.15082 2.82278  13.12392
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C 4.16893  -0.66303  13.28908
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C 1.44270  -5.30451  13.07772
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C 1.49676 5.43613  13.04564
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Cu  -5.20462  -2.24056  10.46169
Cu  -2.61876  -2.25505  10.47381
Cu 0.00588  -2.21146  10.41941
Cu 2.62868  -2.25165  10.46550
Cu 5.21376  -2.23385  10.46356
Cu 7.81085  -2.24273  10.46500
Cu  10.39114  -2.23482  10.49206
Cu  -6.52845 0.00290  10.50049
Cu  -3.88968 0.00621  10.41364
Cu  -1.27447 0.01976  10.51239
Cu 1.28485 0.01665  10.51562
Cu 3.90083 0.00887  10.41343
Cu 6.53620 0.00817  10.49183
Cu  -5.16601  -6.73206  10.47485
Cu  -7.79890 2.26581  10.46392
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Cu  -2.62013 2.28371  10.46327
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Cu 2.62971 2.28010  10.46824
Cu 5.21669 2.25512  10.47073
Cu  -6.47198  -4.47395  10.46280
Cu  -6.48083 4.48536  10.46595
Cu  -3.91382 4.51100  10.46744
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Cu 1.28740  -5.99151 8.41980
Cu 3.89478  -5.98747 8.38329
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Cu  -2.58112  -3.74542 8.40270
Cu 0.00746  -3.74839 8.41750
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Cu 5.19862 5.25146 8.38543

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專業(yè): 基礎(chǔ)物理學(xué)

澤潤(rùn)東方: 回帖置頂 2012-01-16 18:55:07

問(wèn)題已解決。
應(yīng)把‘Cu 58 F’ 改寫(xiě)為‘X 58 F’。
希望對(duì)大家有所幫助。
感謝給為的熱心幫助。

贊一下

回復(fù)此樓

希望就在不遠(yuǎn)處，成功就在路盡頭。

8樓2012-01-16 18:54:53

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