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xinji銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gromacs中，mdrun出錯(cuò)
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在進(jìn)行mdrun時(shí)，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤，請(qǐng)問是何原因？ Back Off! I just backed up but_boh_wat_423_100_pr.trr to ./#but_boh_wat_423_100_pr.trr.14# Back Off! I just backed up pr_but_boh_wat.edr to ./#pr_but_boh_wat.edr.14# starting mdrun 'Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup' 30000 steps, 30.0 ps. step 0 Segmentation fault |
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 分子動(dòng)力學(xué) | gromacs |
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xinji
銅蟲 (小有名氣)
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3樓2012-01-09 23:24:47
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm(金幣+5): 謝謝~ 2012-01-10 10:29:08
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm(金幣+5): 謝謝~ 2012-01-10 10:29:08
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Segmentation fault的常見原因是體系構(gòu)建不合理，先多跑跑energy minimization 如果使用steep 方法進(jìn)行能量最小化之后，還是出現(xiàn)這樣的問題， 需要接著使用CG方法繼續(xù)能量最小化 然后再進(jìn)行后續(xù)的模擬 還有一種解決辦法是，在此步使用grompp 的時(shí)候，把上一步得到的能量文件(edr) 引入，這樣就可使能量有連續(xù)性。 |
2樓2012-01-09 22:03:36
bluewhale
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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4樓2012-01-09 23:58:38
★ ★
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2012-01-11 19:50:59
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5樓2012-01-10 08:00:36
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