 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門版塊排行榜 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1948 | 回復(fù): 10 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
[重金求助] 細(xì)菌鑒定的若干入門級(jí)問題請(qǐng)教(16S rDNA)
|
|||
|
從前一直搞環(huán)境工程，后來篩選到了甲烷氧化菌一株，但經(jīng)過了一系列的鑒定工作，發(fā)現(xiàn)了很多問題，大致過程如下： （1）最開始是把多次傳代（甲烷為唯一碳源）的固體平板寄給了大連寶生物公司，通過PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物直接測(cè)序未發(fā)現(xiàn)套峰，但測(cè)序結(jié)果經(jīng)NCBI比對(duì)并不屬于甲烷氧化菌，而是另一種屬（暫時(shí)命名為菌X）； （2）本以為菌X是一種新的可氧化甲烷的細(xì)菌，但相關(guān)領(lǐng)域?qū)＜叶颊J(rèn)為菌株不純，所以自己也開始懷疑是否體系有雜菌。 （3）最近在國(guó)外訪學(xué)，開始嘗試自己提取16S，選用了廣普微生物擴(kuò)增引物（F27和R14），首先用一種高保真的酶沒有擴(kuò)增出來，之后換了另一種（易擴(kuò)增但個(gè)別堿基可能突變）成功，擴(kuò)增后測(cè)序。無奈的是美國(guó)這邊服務(wù)很有限，只告知了2個(gè)測(cè)序反應(yīng)的結(jié)果，并未給出最終的16S rDNA序列。 請(qǐng)各位熟悉相關(guān)實(shí)驗(yàn)的蟲友協(xié)助分析并解答一下問題： （1）是否存在這種可能：雖然平板上菌株主要為甲烷氧化菌，但廣普引物無法擴(kuò)增出甲烷氧化菌，卻擴(kuò)增出來了與之共存的另一種雜菌。 也就是說，采用以上引物，對(duì)2個(gè)或者以上的細(xì)菌混合物進(jìn)行PCR，可能只擴(kuò)增出一種。 （2）如何根據(jù)測(cè)序反應(yīng)的結(jié)果，將兩個(gè)反應(yīng)結(jié)果合并為一個(gè)完整的16S rDNA序列。 多謝！��！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
266分，求材料相關(guān)專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
本科211總分289，08工學(xué)真心求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
理學(xué)07化學(xué) 303求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
甲基亞磺磺酸鈉和甲基磺酸酯反應(yīng)機(jī)理
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 如何鑒定細(xì)菌的種和屬？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 細(xì)菌 菌種鑒定 需要做什么？迷茫中。。。
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 細(xì)菌屬種鑒定問題
已經(jīng)有21人回復(fù)
- Blast鑒定細(xì)菌16SrRNA 結(jié)果選擇問題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 真菌ITS鑒定問題若干
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 發(fā)SCI，細(xì)菌需要鑒定到哪一步
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 菌種鑒定的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 細(xì)菌活性鑒定 核酸染料 vs 涂平板
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 求真菌鑒定，順便請(qǐng)教下真菌形態(tài)學(xué)鑒定的資料或方法，麻煩各位老師了�。�！
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求助關(guān)于土壤細(xì)菌分離鑒定的知識(shí)，希望朋友幫忙解答
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 鑒定細(xì)菌種（不是屬）的生物學(xué)方法有哪些
已經(jīng)有27人回復(fù)
- 如何通過分子生物學(xué)鑒定細(xì)菌生長(zhǎng)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 菌種鑒定的費(fèi)用懸殊？鑒定內(nèi)容卻…？請(qǐng)教各位前輩啊。
已經(jīng)有26人回復(fù)
- API技術(shù)鑒定細(xì)菌到種
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 細(xì)菌鑒定ppt（以搜無重復(fù)）
已經(jīng)有285人回復(fù)
- 【求助/交流】哪里可以做細(xì)菌菌種鑒定？
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助/交流】細(xì)菌鑒定
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【求助/交流】16s進(jìn)化樹+細(xì)菌鑒定 達(dá)人 請(qǐng)進(jìn)~~~
已經(jīng)有5人回復(fù)
msw0103
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1074.8
- 帖子: 302
- 在線: 274.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 589747
- 注冊(cè): 2008-08-30
- 專業(yè): 生物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhang8826857(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2012-01-18 11:47:29
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhang8826857(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2012-01-18 11:47:29
| 首先就如1樓所說的，繼續(xù)純化，挑取單克隆進(jìn)行16S rDNA序列擴(kuò)增（可以多挑幾個(gè)，也可以換幾對(duì)擴(kuò)增引物），然后送測(cè)序，把得到的序列用chromose處理（去掉前面的30-40個(gè)堿基和大約800bp之后的序列），得到兩個(gè)反應(yīng)序列用DNAman拼接（DNAman中有一個(gè)sequence assemble，導(dǎo)入你得到的兩個(gè)處理過的序列就可以），就能得到16S rDNA的全長(zhǎng)，放在NCBI里面blastn一下就知道是哪個(gè)菌了。 |
7樓2012-01-18 08:05:34
catty2000
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 2865.4
- 紅花: 1
- 帖子: 119
- 在線: 66.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 375224
- 注冊(cè): 2007-05-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物海洋學(xué)與海洋生物資源
2樓2012-01-17 11:07:36
privateer2015
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 503
- 紅花: 1
- 帖子: 159
- 在線: 47.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 713584
- 注冊(cè): 2009-03-03
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
rainwander(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2012-01-17 18:56:31
zhaott(金幣+49): ★有幫助 謝謝 2012-01-19 10:40:28
zhang8826857(金幣-49): lz給了一個(gè)金幣，給我說好像是加錯(cuò)了，呵呵，不好意思啊 2012-01-20 19:05:32
zhang8826857(金幣+5): 唉，我真二，呵呵，給你扣光了，當(dāng)補(bǔ)償下吧 2012-01-20 19:06:44
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
rainwander(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2012-01-17 18:56:31
zhaott(金幣+49): ★有幫助 謝謝 2012-01-19 10:40:28
zhang8826857(金幣-49): lz給了一個(gè)金幣，給我說好像是加錯(cuò)了，呵呵，不好意思啊 2012-01-20 19:05:32
zhang8826857(金幣+5): 唉，我真二，呵呵，給你扣光了，當(dāng)補(bǔ)償下吧 2012-01-20 19:06:44
| 可直接用DNAMAN等軟件將2個(gè)反應(yīng)的結(jié)果比對(duì)一下，按重復(fù)部分的進(jìn)行拼接就可以得到完整的一條序列了 |
3樓2012-01-17 11:10:38
4樓2012-01-17 13:06:52
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿中海洋材料357 +3 | 麥恩莉. 2026-03-30 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +5 | 亞克西good 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600 材料與化工 329分求調(diào)劑 +18 | Mr. Z 2026-03-25 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校 +4 | 小黃鴨寶 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +6 | 小懶蟲不懶了 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿中南大學(xué)化學(xué)0703總分337求調(diào)劑 +6 | niko- 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考博] 26申博自薦 +6 | whh869393 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 294分080500材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +8 | 柳溪邊 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +10 | 鈕恩雪 2026-03-25 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +6 | Amber00 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0856材料化工調(diào)劑 總分330 +14 | zhubinhao 2026-03-27 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑考研 +3 | 王杰一 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程，267求調(diào)劑 +16 | minht 2026-03-26 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 086502化學(xué)工程342求調(diào)劑 +6 | 阿姨復(fù)古不過 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿211院校 344分 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)學(xué)碩，求調(diào)劑 +5 | 丶風(fēng)雪夜歸人丶 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 林之夕 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 351求調(diào)劑 +4 | 麥克阿磊 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求調(diào)劑 +4 | gdlf9999 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290分調(diào)劑求助 +3 | 吉祥止止陳 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 300分，材料，求調(diào)劑，英一數(shù)二 +5 | 超贊的 2026-03-24 | 5/250 |
|