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[求助]
surflex-dock對接問題
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本人分子模擬菜鳥一個，問題很弱很瑣碎，希望各位大俠不要見笑。 1、本人用一同源建模的蛋白分子進(jìn)行對接的，在對接過程中不要再將此蛋白能量優(yōu)化了吧？ 2、在選擇活性部位時，是用設(shè)計residue的半徑來genereate的，據(jù)說還要調(diào)節(jié)T和B值？既然活性空腔已經(jīng)定義為residue的半徑生成的，調(diào)節(jié)T和B起什么作用？調(diào)節(jié)時需要注意什么呢？ 3、判斷對接的可靠性，有蛋白結(jié)晶的可以抽取出原來的配體再去對接看RMSD值，那么同源建模來怎么判斷呢？ 4、對接過程中設(shè)置的RMSD值是什么用途呢？ 5、對接結(jié)束后，生成了20個poses，怎么知道哪個poses是合理的，得分最高的那個？ 6、對接結(jié)束后，重復(fù)做一次，所有參數(shù)相同，對接的結(jié)果有時卻相差很大，甚至Ligand在活性空腔的伸展方向都變了，好郁悶啊 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵討論 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金幣+3): ★★★很有幫助 2012-02-12 13:36:55
zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵討論 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金幣+3): ★★★很有幫助 2012-02-12 13:36:55
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1，一般文章上常規(guī)的做法是對接前要能量優(yōu)化，對接后還要能量優(yōu)化，目的是讓結(jié)構(gòu)穩(wěn)定證明對接結(jié)果可靠。 2，我用ds做的對接沒用過sybylTB值就不清楚具體是干嘛的了，一般只需要調(diào)節(jié)半徑 3.實(shí)際說白了，虛擬對接這個東西還是很不靠譜的，每種對接算法都不是萬能的，適用性準(zhǔn)確性都很有限，而且關(guān)于柔性對接一些軟件公司大肆宣傳對接效果好，實(shí)際從使用者的反映來看多數(shù)不太認(rèn)可，甚至認(rèn)為不如半柔性對接效果好。關(guān)于對接可靠性個人認(rèn)為要是能跟實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)果對的上號能解釋通實(shí)驗(yàn)結(jié)果就可以了。 4，rmsd是指均方根偏差，也就是你計算的結(jié)果與制定的參照物的偏差大小，偏差越小說明結(jié)構(gòu)越接近，設(shè)定這個值是指計算時候?qū)⒔Y(jié)構(gòu)偏差大的一些模型自動刪除，相當(dāng)于一個閾值。 5，說實(shí)話20個已經(jīng)算是少的了，我算的時候一百多的都經(jīng)常有。。。通常來說用打分函數(shù)排序來選，但個人認(rèn)為你要是有濕實(shí)驗(yàn)結(jié)果的話當(dāng)然可以用進(jìn)去幫你找最優(yōu)解。 6，再次說明柔性對接不靠譜，重復(fù)性較差。。。 以上是個人觀點(diǎn)不一定準(zhǔn)確，歡迎各位大俠拍磚探討。。。 |
2樓2012-02-12 09:05:13
3樓2012-02-12 13:40:50
4樓2012-02-13 08:03:41
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