 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2003 | 回復: 3 | ||
| 本帖產生 1 個 模擬EPI ，點擊這里進行查看 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
surflex-dock對接問題
|
||
|
本人分子模擬菜鳥一個，問題很弱很瑣碎，希望各位大俠不要見笑。 1、本人用一同源建模的蛋白分子進行對接的，在對接過程中不要再將此蛋白能量優(yōu)化了吧？ 2、在選擇活性部位時，是用設計residue的半徑來genereate的，據說還要調節(jié)T和B值？既然活性空腔已經定義為residue的半徑生成的，調節(jié)T和B起什么作用？調節(jié)時需要注意什么呢？ 3、判斷對接的可靠性，有蛋白結晶的可以抽取出原來的配體再去對接看RMSD值，那么同源建模來怎么判斷呢？ 4、對接過程中設置的RMSD值是什么用途呢？ 5、對接結束后，生成了20個poses，怎么知道哪個poses是合理的，得分最高的那個？ 6、對接結束后，重復做一次，所有參數(shù)相同，對接的結果有時卻相差很大，甚至Ligand在活性空腔的伸展方向都變了，好郁悶啊 |
回復此樓» 猜你喜歡
材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦
已經有7人回復
-
301求調劑
已經有5人回復
-
281求調劑（0805）
已經有7人回復
-
材料與化工求調劑
已經有6人回復
-
299求調劑
已經有4人回復
-
277調劑
已經有6人回復
-
341求調劑
已經有7人回復
-
328求調劑，英語六級551，有科研經歷
已經有8人回復
-
293求調劑
已經有12人回復
-
070300化學319求調劑
已經有4人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助NMR溶劑問題
已經有11人回復
- 請教Industrial & Engineering Chemistry Research投稿問題
已經有6人回復
- sybyl中的配體提取和準備問題
已經有7人回復
- AutoDock參數(shù)設置問題
已經有6人回復
- 用AutoDock對接的結合能較小，可能是什么原因？
已經有7人回復
- 用AutoDock作分子對接前的小分子能量最小化問題
已經有6人回復
- Autodock對接構象有問題，請教
已經有7人回復
- 【討論】autodock 對接時間問題
已經有11人回復
- 【求助】surflex-dock問題
已經有3人回復
- 【討論】關于共價結合做對接的問題
已經有4人回復
- 【求助】autodock對接后小分子被打斷的情況
已經有6人回復
- 【在線答疑】UCSF DOCK分子對接和虛擬篩選
已經有42人回復
3樓2012-02-12 13:40:50
【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數(shù) +1
zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵討論 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金幣+3): ★★★很有幫助 2012-02-12 13:36:55
zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵討論 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金幣+3): ★★★很有幫助 2012-02-12 13:36:55
|
1，一般文章上常規(guī)的做法是對接前要能量優(yōu)化，對接后還要能量優(yōu)化，目的是讓結構穩(wěn)定證明對接結果可靠。 2，我用ds做的對接沒用過sybylTB值就不清楚具體是干嘛的了，一般只需要調節(jié)半徑 3.實際說白了，虛擬對接這個東西還是很不靠譜的，每種對接算法都不是萬能的，適用性準確性都很有限，而且關于柔性對接一些軟件公司大肆宣傳對接效果好，實際從使用者的反映來看多數(shù)不太認可，甚至認為不如半柔性對接效果好。關于對接可靠性個人認為要是能跟實驗數(shù)據結果對的上號能解釋通實驗結果就可以了。 4，rmsd是指均方根偏差，也就是你計算的結果與制定的參照物的偏差大小，偏差越小說明結構越接近，設定這個值是指計算時候將結構偏差大的一些模型自動刪除，相當于一個閾值。 5，說實話20個已經算是少的了，我算的時候一百多的都經常有。。。通常來說用打分函數(shù)排序來選，但個人認為你要是有濕實驗結果的話當然可以用進去幫你找最優(yōu)解。 6，再次說明柔性對接不靠譜，重復性較差。。。 以上是個人觀點不一定準確，歡迎各位大俠拍磚探討。。。 |
2樓2012-02-12 09:05:13
4樓2012-02-13 08:03:41
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 293求調劑 +7 | zjl的號 2026-03-16 | 12/600 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085601求調劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 332求調劑 +6 | Zz版 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 274求調劑0856材料化工 +13 | z2839474511 2026-03-11 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學材料工程（085601）專碩有科研經歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 290求調劑 +6 | 孔志浩 2026-03-12 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專碩274一志愿陜西師范大學求調劑 +5 | 薛云鵬 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 274求調劑 +5 | 時間點 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[文學芳草園] 伙伴們，祝我生日快樂吧 +17 | myrtle 2026-03-10 | 26/1300 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調劑 +4 | 威化餅07 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308 085701 四六級已過求調劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 學碩285求調劑 +13 | Wisjxn 2026-03-12 | 46/2300 |
|
|
|
[考研] 285 求調劑 資源與環(huán)境 一志愿北京化工大學 +3 | 未名考生 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿中科院，化學方向，295求調劑 +4 | 一氧二氮 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 315求調劑 +9 | 小羊小羊_ 2026-03-11 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 26調劑/材料科學與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調劑 +3 | 冬十三 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +5 | 一定有學上- 2026-03-12 | 5/250 |
|