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[求助]
surflex-dock對(duì)接問(wèn)題
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本人分子模擬菜鳥一個(gè)，問(wèn)題很弱很瑣碎，希望各位大俠不要見(jiàn)笑。 1、本人用一同源建模的蛋白分子進(jìn)行對(duì)接的，在對(duì)接過(guò)程中不要再將此蛋白能量?jī)?yōu)化了吧？ 2、在選擇活性部位時(shí)，是用設(shè)計(jì)residue的半徑來(lái)genereate的，據(jù)說(shuō)還要調(diào)節(jié)T和B值？既然活性空腔已經(jīng)定義為residue的半徑生成的，調(diào)節(jié)T和B起什么作用？調(diào)節(jié)時(shí)需要注意什么呢？ 3、判斷對(duì)接的可靠性，有蛋白結(jié)晶的可以抽取出原來(lái)的配體再去對(duì)接看RMSD值，那么同源建模來(lái)怎么判斷呢？ 4、對(duì)接過(guò)程中設(shè)置的RMSD值是什么用途呢？ 5、對(duì)接結(jié)束后，生成了20個(gè)poses，怎么知道哪個(gè)poses是合理的，得分最高的那個(gè)？ 6、對(duì)接結(jié)束后，重復(fù)做一次，所有參數(shù)相同，對(duì)接的結(jié)果有時(shí)卻相差很大，甚至Ligand在活性空腔的伸展方向都變了，好郁悶啊 |
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zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵(lì)討論 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金幣+3): ★★★很有幫助 2012-02-12 13:36:55
zh1987hs(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵(lì)討論 2012-02-12 10:19:34
fungicide(金幣+3): ★★★很有幫助 2012-02-12 13:36:55
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1，一般文章上常規(guī)的做法是對(duì)接前要能量?jī)?yōu)化，對(duì)接后還要能量?jī)?yōu)化，目的是讓結(jié)構(gòu)穩(wěn)定證明對(duì)接結(jié)果可靠。 2，我用ds做的對(duì)接沒(méi)用過(guò)sybylTB值就不清楚具體是干嘛的了，一般只需要調(diào)節(jié)半徑 3.實(shí)際說(shuō)白了，虛擬對(duì)接這個(gè)東西還是很不靠譜的，每種對(duì)接算法都不是萬(wàn)能的，適用性準(zhǔn)確性都很有限，而且關(guān)于柔性對(duì)接一些軟件公司大肆宣傳對(duì)接效果好，實(shí)際從使用者的反映來(lái)看多數(shù)不太認(rèn)可，甚至認(rèn)為不如半柔性對(duì)接效果好。關(guān)于對(duì)接可靠性個(gè)人認(rèn)為要是能跟實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)結(jié)果對(duì)的上號(hào)能解釋通實(shí)驗(yàn)結(jié)果就可以了。 4，rmsd是指均方根偏差，也就是你計(jì)算的結(jié)果與制定的參照物的偏差大小，偏差越小說(shuō)明結(jié)構(gòu)越接近，設(shè)定這個(gè)值是指計(jì)算時(shí)候?qū)⒔Y(jié)構(gòu)偏差大的一些模型自動(dòng)刪除，相當(dāng)于一個(gè)閾值。 5，說(shuō)實(shí)話20個(gè)已經(jīng)算是少的了，我算的時(shí)候一百多的都經(jīng)常有。。。通常來(lái)說(shuō)用打分函數(shù)排序來(lái)選，但個(gè)人認(rèn)為你要是有濕實(shí)驗(yàn)結(jié)果的話當(dāng)然可以用進(jìn)去幫你找最優(yōu)解。 6，再次說(shuō)明柔性對(duì)接不靠譜，重復(fù)性較差。。。 以上是個(gè)人觀點(diǎn)不一定準(zhǔn)確，歡迎各位大俠拍磚探討。。。 |
2樓2012-02-12 09:05:13
3樓2012-02-12 13:40:50
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2012-02-17 21:59:16
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如果你所建的模型跟模板相似性較高應(yīng)該可以跟模板計(jì)算rmsd值，但也不能說(shuō)明什么問(wèn)題，只能說(shuō)明你模型與模板的空間結(jié)構(gòu)相似度高低，另外做分子動(dòng)力學(xué)的時(shí)候通常通過(guò)計(jì)算某一時(shí)間的結(jié)構(gòu)與最初穩(wěn)進(jìn)入定階段的結(jié)構(gòu)之間的rmsd值來(lái)判斷結(jié)構(gòu)是否已經(jīng)徹底平衡穩(wěn)定。我知道的也就是這么多了。。。 |
4樓2012-02-13 08:03:41
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