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wangyan10鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
分子對(duì)接后小分子配體利用AntechAmber構(gòu)建力場(chǎng)的問(wèn)題
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想請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題。現(xiàn)在手中有一個(gè)體系，用DS2.5中的Flexible Docking做的分子對(duì)接，之后打算用AMBER對(duì)這個(gè)complex進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬。小分子配體需要自己利用AntechAmber構(gòu)建力場(chǎng)。在論壇上面也看到了那個(gè)講構(gòu)建小分子力場(chǎng)的教程。問(wèn)題來(lái)了，構(gòu)建力場(chǎng)的小分子是要從我那個(gè)對(duì)接結(jié)果的complex中抽取還是可以直接從小分子數(shù)據(jù)庫(kù)中提��？自己也試著從對(duì)接結(jié)果的complex中抽取小分子來(lái)按照教程上順序去操作，可是總會(huì)遇到各種各樣的問(wèn)題�，F(xiàn)在想能不能直接down一個(gè)我研究的那個(gè)小分子配體來(lái)直接構(gòu)建力場(chǎng)？急切盼望高手解答！謝謝各位！ |
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2樓2012-03-14 04:02:52
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