 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3560 | 回復(fù): 10 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
蘋果變菠蘿金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
求助：蛋白質(zhì)對接 分子動(dòng)力學(xué)
|
|
|
一直是用sybyl做對接，但要做蛋白質(zhì)和九肽的對接，如果用sybyl對接的話，九肽要保存為mol2格式，這樣做amber準(zhǔn)備復(fù)合物的時(shí)候就比較麻煩，蛋白質(zhì)-九肽的對接用剛性對接應(yīng)該更好解釋吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接著做動(dòng)力學(xué)模擬，現(xiàn)在做了兩個(gè)體系，一個(gè)體系在不到2ns時(shí)，多肽就和蛋白質(zhì)分開了。另外一個(gè)體系現(xiàn)在快跑到5ns了，提出來復(fù)合物一看，多肽也變形了。 像這種情況是ZDOCK對接問題還是amber問題？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
277調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
341求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0703化學(xué)336分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助各位，關(guān)于初學(xué)分子模擬
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)模擬疑惑
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】蛋白質(zhì)在不同pH下動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】同源建模、分子動(dòng)力學(xué)模擬和分子對接的關(guān)系是怎樣的
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】蛋白質(zhì)大分子的動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】discovery stdudio 分子對接問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】分子模擬時(shí)各物質(zhì)所處的條件
已經(jīng)有11人回復(fù)
10樓2016-03-04 15:54:36
郝明
新蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 10 (幼兒園)
- 金幣: 71.5
- 散金: 30
- 帖子: 561
- 在線: 37.9小時(shí)
- 蟲號: 1292574
- 注冊: 2011-05-11
- 性別: MM
- 專業(yè): 生化分析及生物傳感
2樓2012-03-16 08:35:04
蘋果變菠蘿
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 2125.7
- 散金: 52
- 紅花: 3
- 帖子: 181
- 在線: 175.9小時(shí)
- 蟲號: 1186835
- 注冊: 2011-01-10
- 性別: MM
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
3樓2012-03-16 12:06:18
sinokang
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 10 (幼兒園)
- 金幣: 23505.4
- 散金: 167
- 紅花: 4
- 帖子: 4194
- 在線: 243.6小時(shí)
- 蟲號: 771160
- 注冊: 2009-05-15
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-04-21 14:21:49
蘋果變菠蘿: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-04-21 15:12:38
蘋果變菠蘿: 金幣+5 2012-04-22 15:06:05
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-04-21 14:21:49
蘋果變菠蘿: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-04-21 15:12:38
蘋果變菠蘿: 金幣+5 2012-04-22 15:06:05
| 多肽對接的話，我之前用過MOE，一個(gè)25肽，效果還不錯(cuò)，發(fā)了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看參考一下 |
4樓2012-04-21 11:36:11
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +7 | z1z2z3879 2026-03-16 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +9 | 負(fù)心者當(dāng)誅 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑 +4 | Du.11 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +5 | 緒幸與子 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +3 | share_joy 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 285化工學(xué)碩求調(diào)劑（081700） +9 | 柴郡貓_ 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[基金申請]
今年的國基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷 +7 | 曦熙兮 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +10 | 小樓。 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|
|
|
[考研]
 機(jī)械專碩調(diào)劑
+3
|
笨笨兔子 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程327求調(diào)劑 +3 | xiaohe12w 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4 | z1z2z3879 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +3 | 5201314Lsy！ 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 285 求調(diào)劑 資源與環(huán)境 一志愿北京化工大學(xué) +3 | 未名考生 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩288分求調(diào)劑 一志愿211 +4 | 在家想你 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 337一志愿華南理工0805材料求調(diào)劑 +7 | mysdl 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)學(xué)校調(diào)劑 +3 | 周56 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科調(diào)劑 +4 | Jiang191123！ 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 大連大學(xué)化學(xué)專業(yè)研究生調(diào)劑 +3 | 琪久. 2026-03-10 | 8/400 |
|