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蘋果變菠蘿金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助：蛋白質(zhì)對(duì)接 分子動(dòng)力學(xué)
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一直是用sybyl做對(duì)接，但要做蛋白質(zhì)和九肽的對(duì)接，如果用sybyl對(duì)接的話，九肽要保存為mol2格式，這樣做amber準(zhǔn)備復(fù)合物的時(shí)候就比較麻煩，蛋白質(zhì)-九肽的對(duì)接用剛性對(duì)接應(yīng)該更好解釋吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接著做動(dòng)力學(xué)模擬，現(xiàn)在做了兩個(gè)體系，一個(gè)體系在不到2ns時(shí)，多肽就和蛋白質(zhì)分開了。另外一個(gè)體系現(xiàn)在快跑到5ns了，提出來(lái)復(fù)合物一看，多肽也變形了。 像這種情況是ZDOCK對(duì)接問(wèn)題還是amber問(wèn)題？ |
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10樓2016-03-04 15:54:36
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2樓2012-03-16 08:35:04
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3樓2012-03-16 12:06:18
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蘋果變菠蘿: 金幣+5 2012-04-22 15:06:05
| 多肽對(duì)接的話，我之前用過(guò)MOE，一個(gè)25肽，效果還不錯(cuò)，發(fā)了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看參考一下 |
4樓2012-04-21 11:36:11
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我現(xiàn)在做的也是蛋白質(zhì)與多肽對(duì)接，且蛋白質(zhì)中有小分子，樓主最后問(wèn)題是怎么解決的？3樓的這篇文章也給我發(fā)一份吧 謝謝 郵箱：dongkeke89@126.com |
8樓2013-06-05 14:30:01
keke_1210
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9樓2013-06-13 08:48:03
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