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蘋果變菠蘿金蟲 (小有名氣)
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求助：蛋白質(zhì)對接 分子動力學(xué)
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一直是用sybyl做對接，但要做蛋白質(zhì)和九肽的對接，如果用sybyl對接的話，九肽要保存為mol2格式，這樣做amber準備復(fù)合物的時候就比較麻煩，蛋白質(zhì)-九肽的對接用剛性對接應(yīng)該更好解釋吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接著做動力學(xué)模擬，現(xiàn)在做了兩個體系，一個體系在不到2ns時，多肽就和蛋白質(zhì)分開了。另外一個體系現(xiàn)在快跑到5ns了，提出來復(fù)合物一看，多肽也變形了。 像這種情況是ZDOCK對接問題還是amber問題？ |
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keke_1210
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3樓2012-03-16 12:06:18
sinokang
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| 多肽對接的話，我之前用過MOE，一個25肽，效果還不錯，發(fā)了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看參考一下 |
4樓2012-04-21 11:36:11
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