 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3561 | 回復(fù): 10 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
蘋果變菠蘿金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
求助：蛋白質(zhì)對(duì)接 分子動(dòng)力學(xué)
|
|
|
一直是用sybyl做對(duì)接，但要做蛋白質(zhì)和九肽的對(duì)接，如果用sybyl對(duì)接的話，九肽要保存為mol2格式，這樣做amber準(zhǔn)備復(fù)合物的時(shí)候就比較麻煩，蛋白質(zhì)-九肽的對(duì)接用剛性對(duì)接應(yīng)該更好解釋吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接著做動(dòng)力學(xué)模擬，現(xiàn)在做了兩個(gè)體系，一個(gè)體系在不到2ns時(shí)，多肽就和蛋白質(zhì)分開了。另外一個(gè)體系現(xiàn)在快跑到5ns了，提出來(lái)復(fù)合物一看，多肽也變形了。 像這種情況是ZDOCK對(duì)接問題還是amber問題？ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
277調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
341求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
293求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0703化學(xué)336分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 求助各位，關(guān)于初學(xué)分子模擬
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)模擬疑惑
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】蛋白質(zhì)在不同pH下動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】同源建模、分子動(dòng)力學(xué)模擬和分子對(duì)接的關(guān)系是怎樣的
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】蛋白質(zhì)大分子的動(dòng)力學(xué)模擬
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】discovery stdudio 分子對(duì)接問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】分子模擬時(shí)各物質(zhì)所處的條件
已經(jīng)有11人回復(fù)
zibizheng
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 112.3
- 帖子: 25
- 在線: 33小時(shí)
- 蟲號(hào): 1321837
- 注冊(cè): 2011-06-13
- 專業(yè): 腫瘤化學(xué)藥物治療
6樓2012-10-23 16:16:23
郝明
新蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 10 (幼兒園)
- 金幣: 71.5
- 散金: 30
- 帖子: 561
- 在線: 37.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1292574
- 注冊(cè): 2011-05-11
- 性別: MM
- 專業(yè): 生化分析及生物傳感
2樓2012-03-16 08:35:04
蘋果變菠蘿
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 2125.7
- 散金: 52
- 紅花: 3
- 帖子: 181
- 在線: 175.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 1186835
- 注冊(cè): 2011-01-10
- 性別: MM
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
3樓2012-03-16 12:06:18
sinokang
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 10 (幼兒園)
- 金幣: 23505.4
- 散金: 167
- 紅花: 4
- 帖子: 4194
- 在線: 243.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 771160
- 注冊(cè): 2009-05-15
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-04-21 14:21:49
蘋果變菠蘿: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-04-21 15:12:38
蘋果變菠蘿: 金幣+5 2012-04-22 15:06:05
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-04-21 14:21:49
蘋果變菠蘿: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-04-21 15:12:38
蘋果變菠蘿: 金幣+5 2012-04-22 15:06:05
| 多肽對(duì)接的話，我之前用過MOE，一個(gè)25肽，效果還不錯(cuò)，發(fā)了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看參考一下 |
4樓2012-04-21 11:36:11
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +4 | A_JiXing 2026-03-16 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +7 | z1z2z3879 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 上岸的小葡 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院-課題組招收2026級(jí)食品/生物方向碩士 +3 | 1喜春8 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書40+數(shù)一英一287 +3 | 小李0854 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +4 | 梨花珞晚風(fēng) 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑0703 +8 | 啊我我的 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +6 | 大可digkids 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
今年的國(guó)基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +5 | d如愿上岸 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 求調(diào)劑 +13 | enenenhui 2026-03-13 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學(xué)327求調(diào)劑推薦 +7 | Ncdx123456 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 快樂的香蕉 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 7712b 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)學(xué)校調(diào)劑 +3 | 周56 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +7 | 無(wú)懈可擊的巨人 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑（食品/專碩） +3 | xc321 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | 莫xiao 2026-03-10 | 4/200 |
|