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astringent銅蟲 (著名寫手)
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[交流]
求gromacs下QM/MM交作業(yè)pbs腳本 已有1人參與
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| 最近用gmx和orca做qmmm，想在計(jì)算機(jī)集群上提交作業(yè)，我自己寫了一個(gè)腳本，可是提交之后，根本沒計(jì)算。請問大家有沒有用gromcas做QMMMM交作業(yè)的pbs腳本？借鑒一些，不甚感激 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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你可以看看能前臺運(yùn)行嗎（不用腳本提交） 看看是你提交命令的腳本錯(cuò)了 還是PBS的腳本錯(cuò)了 這有一個(gè)普通的GROMACS的PBS腳本 #!/bin/bash #PBS -N simg-gmx-test #PBS -l nodes=1:beta:ppn=24 #PBS -q simg_queue #PBS -j oe nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR #========setup environment======== export GMXLIB=/public/home/simg/software/gromacs_v4/share/top #========prepare parameters for lam mpi======== uniq $PBS_NODEFILE > lamnodes recon -v lamnodes lamboot -v lamnodes rm -f lamnodes #========runing script========== grompp_mpi_v4 -f em.mdp -c com.gro -n index.ndx -p com.top -o em.tpr mdrun_mpi_v4 -s em.tpr -o em.trr -x em.xtc -c b4md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v grompp_mpi_v4 -f md.mdp -c b4md.gro -n index.ndx -p com.top -o md.tpr mpirun -np $nprocs mdrun_mpi_v4 -s md.tpr -o md.trr -x md.xtc -c aft_md.gro -tableb table.xvg -tablep tablep.xvg -table table.xvg -v > log |
2樓2012-04-02 18:53:29
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