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zdz103979358新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何用分子力學(xué)方法模擬
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本人初學(xué)MS,用分子力學(xué)方法研究緩蝕劑分子在金屬表面的自組裝成膜機(jī)制。緩蝕劑分子在Fe(001)表面的覆蓋度為0.64n㎡/個(gè),即咪唑啉在Fe(001)表面達(dá)到飽和吸附。模擬體系大小為3.24nm×2.24nm×6.03nm,包含16個(gè)咪唑啉緩蝕劑分子。 上述該如何構(gòu)建。本人軟件操作不熟,最好每一步驟寫越詳細(xì)越好。萬(wàn)分感謝。 |
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鐵蟲 (小有名氣)
木蟲 (著名寫手)
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我也在做這方面的工作,但是沒人指點(diǎn),一個(gè)人根據(jù)文獻(xiàn),根據(jù)教程在做。很希望懂的人能給出好的建議,雖然樓上說的沒錯(cuò),但還是希望樓主多分包容,別人不懂,尤其是沒學(xué)過量子化學(xué),計(jì)算化學(xué)的同學(xué),他們的要求只是想知道軟件的操作,來做個(gè)簡(jiǎn)單的模擬,二樓沒必要這么鄙視我們這種菜鳥。大家都是從菜鳥過來的。 再回到正題,樓主的問題,可以參考文獻(xiàn),軟件的操作步驟可以參考教程中有關(guān) 內(nèi)容: 構(gòu)建結(jié)構(gòu):使用Build | Crystal 切表面 : Build | Surface ——>cleave surface 結(jié)構(gòu)優(yōu)化,幾何優(yōu)化,可以用Discover 另外還涉及到建盒子的問題: 用Amorphous Cell 至于怎么操作,看教程吧,涉及到的步驟太多了 |

金蟲 (小有名氣)
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