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[交流]
求助sybyl關(guān)于添加形式電荷的問題
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剛開始學(xué)些sybyl，一些簡單問題不太懂，請(qǐng)各位高手指點(diǎn)迷津�。� 第一個(gè)：如何給配體添加形式電荷，添加了形式電荷后進(jìn)行能量優(yōu)化，形式電荷會(huì)不會(huì)又發(fā)生變化了？ 第二個(gè)：我用sybyl對(duì)我的配體和酶進(jìn)行分子對(duì)接，我的配體要畫成中間狀態(tài)，我想問有沒有人做過，該怎么做？ 就是給這個(gè)結(jié)構(gòu)式添加形式電荷 |
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tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金幣+2, 謝謝，像上面那個(gè)化學(xué)式中氧離子連接的那個(gè)C，文獻(xiàn)中說是刪掉多余的氫，是不是就不用給這個(gè)C加氫了？ 2012-04-15 20:42:18
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-15 11:37:08
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1. 我一般使用都在sybyl圖形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的電荷，然后在進(jìn)行優(yōu)化，電荷形式不會(huì)發(fā)生變化。不過你在畫配體結(jié)構(gòu)時(shí)要記得加氫啊。 2.不太理解你說的中間狀態(tài)時(shí)什么意思，我做的時(shí)候都是對(duì)配體加電荷，優(yōu)化后就可以直接用來對(duì)接了。 希望對(duì)你有所幫助！ |
2樓2012-04-15 11:35:30
userhung
禁蟲 (文學(xué)泰斗)
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caixin5120 
木蟲 (正式寫手)
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tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+5, 感謝菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金幣+2, 謝謝@@ 2012-04-16 18:43:49
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如果是Surflex-Dock無需考慮電荷的問題，從它的打分函數(shù)來看，只考慮了分子的極性而非靜電相互作用（Surflex-Dock的打分函數(shù)是經(jīng)驗(yàn)打分函數(shù)，把靜電相互作用包含在了分子的極性中），因此最重要的是使用正確的原子類型以確定分子的極性。 “The full scoring function is the sum of the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over the appropriate atom pairs.” 其中的polar則是分子的極性。 參考文獻(xiàn)： Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40. Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652 |
6樓2012-04-16 09:39:51
7樓2012-04-16 19:02:50
caixin5120
木蟲 (正式寫手)
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zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 感謝菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金幣+1, 謝謝@@ 2012-04-17 11:35:53
zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 感謝菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金幣+1, 謝謝@@ 2012-04-17 11:35:53
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Re:如果是共價(jià)鍵對(duì)接，surflex-docking和Flex-docking都無法辦到，建議使用GOLD對(duì)接軟件，里面有針對(duì)共價(jià)鍵的對(duì)接參數(shù)設(shè)置，且GOLD-Score和Chemscore打分函數(shù)支持共價(jià)鍵評(píng)分。 ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + （ccovalentPcovalent + Pconstraint） GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ （Scovalent ） 參考文獻(xiàn)： 1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes. Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45. Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547 2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23. Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460 |
8樓2012-04-17 10:32:33
我也是做催化的，需要用中間態(tài)對(duì)接，希望能有個(gè)聯(lián)系方式，多交流 9樓2015-03-30 09:48:37
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