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[交流]
求助sybyl關(guān)于添加形式電荷的問題
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剛開始學(xué)些sybyl，一些簡單問題不太懂，請各位高手指點迷津��！ 第一個：如何給配體添加形式電荷，添加了形式電荷后進(jìn)行能量優(yōu)化，形式電荷會不會又發(fā)生變化了？ 第二個：我用sybyl對我的配體和酶進(jìn)行分子對接，我的配體要畫成中間狀態(tài)，我想問有沒有人做過，該怎么做？ 就是給這個結(jié)構(gòu)式添加形式電荷 |
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userhung
禁蟲 (文學(xué)泰斗)
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3樓2012-04-15 11:55:37
★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金幣+2, 謝謝，像上面那個化學(xué)式中氧離子連接的那個C，文獻(xiàn)中說是刪掉多余的氫，是不是就不用給這個C加氫了？ 2012-04-15 20:42:18
tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金幣+2, 謝謝，像上面那個化學(xué)式中氧離子連接的那個C，文獻(xiàn)中說是刪掉多余的氫，是不是就不用給這個C加氫了？ 2012-04-15 20:42:18
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1. 我一般使用都在sybyl圖形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的電荷，然后在進(jìn)行優(yōu)化，電荷形式不會發(fā)生變化。不過你在畫配體結(jié)構(gòu)時要記得加氫啊。 2.不太理解你說的中間狀態(tài)時什么意思，我做的時候都是對配體加電荷，優(yōu)化后就可以直接用來對接了。 希望對你有所幫助！ |
2樓2012-04-15 11:35:30
5樓2012-04-15 20:53:22
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+5, 感謝菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金幣+2, 謝謝@@ 2012-04-16 18:43:49
tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+5, 感謝菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金幣+2, 謝謝@@ 2012-04-16 18:43:49
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如果是Surflex-Dock無需考慮電荷的問題，從它的打分函數(shù)來看，只考慮了分子的極性而非靜電相互作用（Surflex-Dock的打分函數(shù)是經(jīng)驗打分函數(shù)，把靜電相互作用包含在了分子的極性中），因此最重要的是使用正確的原子類型以確定分子的極性。 “The full scoring function is the sum of the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over the appropriate atom pairs.” 其中的polar則是分子的極性。 參考文獻(xiàn)： Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40. Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652 |
6樓2012-04-16 09:39:51
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