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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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tongliping

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[交流] 求助sybyl關(guān)于添加形式電荷的問(wèn)題

剛開始學(xué)些sybyl，一些簡(jiǎn)單問(wèn)題不太懂，請(qǐng)各位高手指點(diǎn)迷津��！
第一個(gè)：如何給配體添加形式電荷，添加了形式電荷后進(jìn)行能量?jī)?yōu)化，形式電荷會(huì)不會(huì)又發(fā)生變化了？
第二個(gè)：我用sybyl對(duì)我的配體和酶進(jìn)行分子對(duì)接，我的配體要畫成中間狀態(tài)，我想問(wèn)有沒(méi)有人做過(guò)，該怎么做？

就是給這個(gè)結(jié)構(gòu)式添加形式電荷

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1樓 2012-04-14 22:26:40

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Echo1022

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同學(xué) 你好！看到你的帖子，很激動(dòng)啊

我也是做催化的，需要用中間態(tài)對(duì)接，希望能有個(gè)聯(lián)系方式，多交流

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9樓2015-03-30 09:48:37

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jinjingnan

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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金幣+2, 謝謝，像上面那個(gè)化學(xué)式中氧離子連接的那個(gè)C，文獻(xiàn)中說(shuō)是刪掉多余的氫，是不是就不用給這個(gè)C加氫了？ 2012-04-15 20:42:18

1. 我一般使用都在sybyl圖形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的電荷，然后在進(jìn)行優(yōu)化，電荷形式不會(huì)發(fā)生變化。不過(guò)你在畫配體結(jié)構(gòu)時(shí)要記得加氫啊。
2.不太理解你說(shuō)的中間狀態(tài)時(shí)什么意思，我做的時(shí)候都是對(duì)配體加電荷，優(yōu)化后就可以直接用來(lái)對(duì)接了。
希望對(duì)你有所幫助！

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2樓2012-04-15 11:35:30

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userhung

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俺用著沒(méi)發(fā)生過(guò)變化哦~~~~~~~~~~~~~`

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3樓2012-04-15 11:55:37

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jinjingnan at 2012-04-15 11:35:30:
1. 我一般使用都在sybyl圖形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的電荷，然后在進(jìn)行優(yōu)化，電荷形式不會(huì)發(fā)生變化。不過(guò)你在畫配體結(jié)構(gòu)時(shí)要記得加氫啊。
2.不太理解你說(shuō)的中間狀態(tài)時(shí)什么意思，我做的時(shí) ...

我在sybyl中畫出結(jié)構(gòu)式，加了Gasteige-Huck電荷為-1，然后檢查了原子類型和鍵的類型，然后對(duì)分子進(jìn)行優(yōu)化，優(yōu)化之后將分子保存為mol2文件，然后進(jìn)行配體的準(zhǔn)備工作，導(dǎo)入分子之后選擇surflex docking,最后彈出一個(gè)窗口說(shuō)分子的文件不能讀�。╢ile can not be written),請(qǐng)問(wèn)這是怎么回事？

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5樓2012-04-15 20:53:22

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