tongliping

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[交流] 求助sybyl關(guān)于添加形式電荷的問題

剛開始學(xué)些sybyl，一些簡單問題不太懂，請各位高手指點迷津�。�
第一個：如何給配體添加形式電荷，添加了形式電荷后進行能量優(yōu)化，形式電荷會不會又發(fā)生變化了？
第二個：我用sybyl對我的配體和酶進行分子對接，我的配體要畫成中間狀態(tài)，我想問有沒有人做過，該怎么做？

就是給這個結(jié)構(gòu)式添加形式電荷

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1樓 2012-04-14 22:26:40

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caixin5120

木蟲 (正式寫手)

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zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 感謝菜兄的交流~呵呵 2012-04-17 10:56:52
tongliping: 金幣+1, 謝謝@@ 2012-04-17 11:35:53

引用回帖:

7樓: Originally posted by tongliping at 2012-04-16 19:02:50:
您好，
非常感謝您的回復(fù)，因為我做的是酶催化反應(yīng)的分子模擬，所以中間要形成酶與底物的一個過渡態(tài)形式，應(yīng)該是共價連接，所以我想請問如果是共價連接的話，是不是不能使用surflex-docking,而應(yīng)該使用flex-doc ...

Re:如果是共價鍵對接，surflex-docking和Flex-docking都無法辦到，建議使用GOLD對接軟件，里面有針對共價鍵的對接參數(shù)設(shè)置，且GOLD-Score和Chemscore打分函數(shù)支持共價鍵評分。

ChemScore=△Gbinding + Pclash + cinternalPinternal + （ccovalentPcovalent + Pconstraint）
GOLD-Score=Shb_ext + Svdw_ext + Svmd_int+ Stor+ （Scovalent ）

參考文獻：
1、Eldridge MD, Murray CW, Auton TR, Paolini GV, Mee RP. (1997). Empirical scoring functions: I. The development of a fast empirical scoring function to estimate the binding affinity of ligands in receptor complexes. Comput Aided Mol Des. , 11(5):425-45.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9385547
2、Verdonk ML, Cole JC, Hartshorn MJ, Murray CW, Taylor RD. (2003). Improved protein-ligand docking using GOLD. Proteins., 52(4):609-23.
Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12910460

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8樓2012-04-17 10:32:33

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jinjingnan

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tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-04-15 11:37:08
tongliping: 金幣+2, 謝謝，像上面那個化學(xué)式中氧離子連接的那個C，文獻中說是刪掉多余的氫，是不是就不用給這個C加氫了？ 2012-04-15 20:42:18

1. 我一般使用都在sybyl圖形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的電荷，然后在進行優(yōu)化，電荷形式不會發(fā)生變化。不過你在畫配體結(jié)構(gòu)時要記得加氫啊。
2.不太理解你說的中間狀態(tài)時什么意思，我做的時候都是對配體加電荷，優(yōu)化后就可以直接用來對接了。
希望對你有所幫助！

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2樓2012-04-15 11:35:30

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userhung

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tongliping(金幣+1): 謝謝參與

俺用著沒發(fā)生過變化哦~~~~~~~~~~~~~`

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3樓2012-04-15 11:55:37

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4樓2012-04-15 12:16:48

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tongliping

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jinjingnan at 2012-04-15 11:35:30:
1. 我一般使用都在sybyl圖形界面，compute——charge中加Gasteiger-Huck形式的電荷，然后在進行優(yōu)化，電荷形式不會發(fā)生變化。不過你在畫配體結(jié)構(gòu)時要記得加氫啊。
2.不太理解你說的中間狀態(tài)時什么意思，我做的時 ...

我在sybyl中畫出結(jié)構(gòu)式，加了Gasteige-Huck電荷為-1，然后檢查了原子類型和鍵的類型，然后對分子進行優(yōu)化，優(yōu)化之后將分子保存為mol2文件，然后進行配體的準(zhǔn)備工作，導(dǎo)入分子之后選擇surflex docking,最后彈出一個窗口說分子的文件不能讀�。╢ile can not be written),請問這是怎么回事？

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5樓2012-04-15 20:53:22

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caixin5120

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tongliping(金幣+1): 謝謝參與
zh1987hs: 金幣+5, 感謝菜兄 2012-04-16 10:06:18
tongliping: 金幣+2, 謝謝@@ 2012-04-16 18:43:49

如果是Surflex-Dock無需考慮電荷的問題，從它的打分函數(shù)來看，只考慮了分子的極性而非靜電相互作用（Surflex-Dock的打分函數(shù)是經(jīng)驗打分函數(shù)，把靜電相互作用包含在了分子的極性中），因此最重要的是使用正確的原子類型以確定分子的極性。
“The full scoring function is the sum of
the hydrophobic, polar, repulsive, and entropic terms over
the appropriate atom pairs.” 其中的polar則是分子的極性。

參考文獻：
Jain AN. (1996). Scoring noncovalent protein-ligand interactions: a continuous differentiable function tuned to compute binding affinities. J. Comput. Aided Mol. Des.,10(5):427-40.

Link：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8951652

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6樓2012-04-16 09:39:51

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引用回帖:

6樓: Originally posted by caixin5120 at 2012-04-16 09:39:51:
如果是Surflex-Dock無需考慮電荷的問題，從它的打分函數(shù)來看，只考慮了分子的極性而非靜電相互作用（Surflex-Dock的打分函數(shù)是經(jīng)驗打分函數(shù)，把靜電相互作用包含在了分子的極性中），因此最重要的是使用正確的原子 ...

您好，
非常感謝您的回復(fù)，因為我做的是酶催化反應(yīng)的分子模擬，所以中間要形成酶與底物的一個過渡態(tài)形式，應(yīng)該是共價連接，所以我想請問如果是共價連接的話，是不是不能使用surflex-docking,而應(yīng)該使用flex-docking��？

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7樓2012-04-16 19:02:50

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Echo1022

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同學(xué) 你好！看到你的帖子，很激動啊

我也是做催化的，需要用中間態(tài)對接，希望能有個聯(lián)系方式，多交流

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9樓2015-03-30 09:48:37

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