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高斯計算兩個有機分子 已有4人參與
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請教下做量子化學的高手們 如何實現(xiàn)兩個有機分子的相互作用計算，目的是算出calculated energy levels或者是density of state 比如像下面的圖，圖中最下面和最上面的曲線和短線圖分別是單獨的分子A和分子B的能級和DOS， 這個很簡單就可以算出來，中間的是兩個分子一起作用后的結(jié)果，這咋計算呀 請高手指教 [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-16 at 16:01 ] |
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9樓2012-04-19 08:43:03
Jasminer
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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- 專業(yè): 應用有機化學
3樓2012-04-18 01:10:08
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感謝樓上的老兄，建議很好。 對兩種有機物分別而言，通過計算單個有機物的態(tài)密度，可以知道哪些地方有軌道，上圖中最上面和最下面的單豎線和曲線是高斯計算得到的軌道和畫出的相應的態(tài)密度，從圖上可以看出，在費米能級到1.8eV沒有能級（對單個的SubPc和NPB而言）. 實際問題中，兩種有機分子同時在高真空下蒸發(fā)沉積，然后測定光電子能譜，這時候需要通過計算看看那哪些地方有新的軌道出現(xiàn)（光電子能譜和軌道應該是有很好的吻合）。上圖中中間的曲線和bar，就是一起計算SubPc和NPB后的軌道和態(tài)密度，計算后發(fā)現(xiàn)，相對于單個分子，在費米能級到1eV之間出現(xiàn)了ABC三個新軌道，同時實驗中光電子能譜也有峰出現(xiàn)，而對單個的SubPc和NPB的光電子能譜，在0到1.8 之間是沒有能級的。 請教如何建模比較合適，比如放置兩個分子時的距離，取向等以什么標準來衡量，然后讓他們計算 感謝幫助�。。�！ [ Last edited by zhurl123 on 2012-4-18 at 09:26 ] |
4樓2012-04-18 09:22:27
★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
zhou2009: 金幣+3 2012-04-18 16:29:14
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
zhou2009: 金幣+3 2012-04-18 16:29:14
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這個方面的計算我也沒做過。我就隨便說一下。 當分子二聚或者高聚的時候，兩個分子的分子軌道相互作用使得HOMO和LUMO軌道分裂。于是光譜就出現(xiàn)變化了。 關(guān)于兩個分子之間相互作用的取向，一般情況下都不止一種取向，如果分子結(jié)構(gòu)比較簡單剛性，可以根據(jù)分子間相互作用力來作二聚體的構(gòu)想。如果想比較完整，就需要做Anealing--分子淬火來尋找二聚體的最低能量構(gòu)想。 PS：你說的density of state,我不太懂到底是什么意思，我平時也有算density of state，不過我是算動力學RRKM的時候用，這個是統(tǒng)計方法算出來的，高斯頻率分析可以提供參數(shù)，但是沒法算density of state。如果你所說的density of state和我說的意思一樣的話，你就得需要采用統(tǒng)計學方法，而且你這個情況很可能需要做一個溫度下的density of state，這樣就是做該溫度下的boltzman溫度分布的態(tài)的積分，感覺比較復雜。不過我也沒做過類似的，不敢保證我說的是不是正確 |
5樓2012-04-18 14:15:59
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