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[求助] VASP并行計算時，提示“超過CPU時限”而退出計算。請問如何解決？

running on 8 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 8 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and 6 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          1 )
reading WAVECAR
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
RMM: 1    0.112962560756E+03 0.11296E+03 -0.69848E+03  1512 0.693E+02
RMM: 2 -0.305217733500E+01 -0.11601E+03 -0.12362E+03  1512 0.173E+02
RMM: 3 -0.220863257631E+02 -0.19034E+02 -0.16605E+02  1512 0.684E+01
RMM: 4 -0.266524934524E+02 -0.45662E+01 -0.26797E+01  1512 0.403E+01
RMM: 5 -0.274449693522E+02 -0.79248E+00 -0.70905E+00  1512 0.164E+01
RMM: 6 -0.276538353951E+02 -0.20887E+00 -0.18463E+00  1512 0.103E+01
RMM: 7 -0.277119302964E+02 -0.58095E-01 -0.54192E-01  1512 0.446E+00
RMM: 8 -0.277288405566E+02 -0.16910E-01 -0.15880E-01  1512 0.291E+00
RMM: 9 -0.277355360489E+02 -0.66955E-02 -0.65108E-02  3234 0.128E+00
RMM:  10 -0.277360809052E+02 -0.54486E-03 -0.54143E-03  3277 0.298E-01
RMM:  11 -0.277361101359E+02 -0.29231E-04 -0.27153E-04  2774 0.783E-02
RMM:  12 -0.277361131135E+02 -0.29776E-05 -0.30028E-05  2469 0.192E-02 0.196E+01
RMM:  13 -0.341632543219E+02 -0.64271E+01 -0.12383E+02  3090 0.946E+01 0.154E+01
RMM:  14 -0.236566564684E+02 0.10507E+02 -0.25548E+01  3024 0.434E+01 0.372E+00
RMM:  15 -0.238848699589E+02 -0.22821E+00 -0.90307E+00  3024 0.222E+01 0.667E+00
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 4 with PID 29130 on node login1 exited on signal 24 (CPU time limit exceeded).
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1樓 2012-04-19 06:35:05

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guohuazhong

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★ ★
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2012-04-19 08:58:37

個人覺得可能是編譯時優(yōu)化級別設(shè)高了，或者是mpi編譯有問題。

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2樓2012-04-19 08:57:39

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引用回帖:

2樓: Originally posted by guohuazhong at 2012-04-19 08:57:39:
個人覺得可能是編譯時優(yōu)化級別設(shè)高了，或者是mpi編譯有問題。

不是阿。
集群管理員的回復(fù)是：
could it be that you launched your job on the login node? You're not supposed to launch jobs on the login node.
You should launch a job using the resource manager torque with the qsub command. You will also need to create a jobscript.
么意思阿？

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3樓2012-04-19 17:42:38

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★
fzx2008: 金幣+1, 謝謝回帖交流！ 2012-04-21 11:55:35

管理員的意思是在你登錄的節(jié)點上計算，建議你qsub提交任務(wù)。

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4樓2012-04-19 22:28:57

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引用回帖:

4樓: Originally posted by guohuazhong at 2012-04-19 22:28:57:
管理員的意思是在你登錄的節(jié)點上計算，建議你qsub提交任務(wù)。

qsub怎么提交VASP運行阿？
請指導(dǎo)

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5樓2012-04-20 03:49:37

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fzx2008: 金幣+2, 謝謝回帖交流！ 2012-04-20 09:26:19
c03185: 金幣+15, ★★★很有幫助 2012-04-22 08:25:17

應(yīng)該是類似于bsub的吧，你登入系統(tǒng)的時候會有提示的，你注意看下，我們這用的是bsub作業(yè)管理系統(tǒng)，提交作業(yè)的命令式bsub -q long（作業(yè)對列，有normal long等） -n 8（作業(yè)使用的核數(shù)，是你節(jié)點上單棵cpu上核的個數(shù)的倍數(shù)最好） ./<你的vasp的路徑>vasp，我習(xí)慣將在我的用戶目錄下建一個bin文件夾，然后將vasp拷到這個文件夾里，然后設(shè)置環(huán)境變量vi ./bashrc，加入export PATH=$PATH：~/bin/。然后./vasp就可以直接用~/bin/vasp代替。這樣比較簡單，還不會對你編譯的vasp文件夾造成啥影響

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6樓2012-04-20 09:21:13

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引用回帖:

6樓: Originally posted by ahu1221 at 2012-04-20 09:21:13:
應(yīng)該是類似于bsub的吧，你登入系統(tǒng)的時候會有提示的，你注意看下，我們這用的是bsub作業(yè)管理系統(tǒng)，提交作業(yè)的命令式bsub -q long（作業(yè)對列，有normal long等） -n 8（作業(yè)使用的核數(shù)，是你節(jié)點上單棵cpu上核的個 ...

還需要寫個PBS的腳本嗎？

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7樓2012-04-21 04:12:11

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能不能傳我一個PBS腳本阿？

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8樓2012-04-21 05:18:38

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8樓: Originally posted by c03185 at 2012-04-21 05:18:38:
能不能傳我一個PBS腳本阿？

不需要腳本，可以直接運行的

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9樓2012-04-21 09:25:29

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9樓: Originally posted by ahu1221 at 2012-04-21 09:25:29:
不需要腳本，可以直接運行的

管理員說用腳本，而且采用squb提交任務(wù)

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10樓2012-04-21 16:27:07

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