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zxy964777869

銅蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
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蟲號(hào): 1355217
注冊(cè): 2011-07-25
性別: GG
專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

[求助] gromacs Segmentation fault

我用gromacs做納米管中傳導(dǎo)水的模擬是出現(xiàn)Segmentation fault錯(cuò)誤，對(duì)系統(tǒng)我跑了EM達(dá)到了收斂，并且NVE達(dá)到了溫度的平衡，但在跑NPT模擬提交mdrun后程序返回Segmentation fault，今天調(diào)試了一天也沒什么進(jìn)展，但有意思的是我把NPT參數(shù)文件中的關(guān)于壓力耦合的部分刪除后用此mdp跑任務(wù)竟然無錯(cuò)誤。
由于我在網(wǎng)上搜的時(shí)候，有人說出現(xiàn)這種錯(cuò)誤是由于能量未達(dá)到最小化，但我跑完EM收斂了，并且NVE跑完后溫度曲線也很穩(wěn)定，在300K左右小幅震蕩。
我跑NPT模擬的參數(shù)內(nèi)容為：

title=water MD
cpp  = /lib/cpp
define       = -DFLEXIBLE
integrator    = md
dt  = 0.002    ; ps
nsteps = 500000
comm_mode = linear
nstcomm = 1
nstxout = 100
nstvout = 100
nstlog = 100
nstenergy = 100
pbc  = xyz
continuation =yes
; group(s) to write to energy file
energygrps = System
nstlist = 5
ns_type = grid
coulombtype = PME
fourierspacing = 0.15
pme_order = 4
ewald_rtol = 1e-5
optimize_fft = yes
; Temperature coupling
tcoupl = nose-hoover
tc-grps = System
tau_t  = 0.1
ref_t  = 300

pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 2.0          ; time constant, in ps
ref_p = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5  4.5e-5
（此塊去掉后模擬可以運(yùn)行）
; No constraints
constraints          = all-bonds
constraint_algorithm = lincs
lincs_order  = 4
rlist  = 1.0
rcoulomb = 1.0

rvdw  = 1.0
;Velocity generation
gen_vel = no
; Energy group exclusions
energygrp_excl =
; Freezing bottom water layer and top part of CNT
freezegrps = slabfix
freezedim =Y Y Y

log文件最后顯示，并無出錯(cuò)信息：

         Step          Time       Lambda
            0       0.00000       0.00000

Energies (kJ/mol)
      Angle Ryckaert-Bell.       LJ-14    Coulomb-14       LJ (SR)
3.28384e+03 1.16390e+05 1.47468e+04 0.00000e+00 1.89427e+06
Coulomb (SR) Coul. recip.    Potential Kinetic En. Total Energy
-5.81940e+04 -4.70806e+03 1.96579e+06 1.07137e+04 1.97651e+06
Temperature Pressure (bar) Constr. rmsd
3.01629e+02 -1.23503e+32 5.75108e-05
再次向眾位求解，金幣不多，還望多參與討論，謝謝。

回復(fù)此樓

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1樓 2012-06-07 22:19:49

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