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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 綜合其他 » 融合pcr引物設計
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蟈蟈1988木蟲 (小有名氣)
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[求助]
融合pcr引物設計
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哪位幫忙設計個融合引物�。课易罱O計的效果都很差啊，上下游目的融合片段是400bp左右就行。。。。麻煩各位了。糾結的很，都拖了好幾個月了，木有進展啊。嗚嗚，拜托了。融合pcr的可行度是不是不高啊？ 上游 gaccg 4129921 cagcctcatc aaaattcgtt gaatccaaaa ggctatacat cttccgacgt tcagctctaa 4129981 tatctgccac gggtttctca tgcagacgtt gctttttcac taaatcccat atctgctggc 4130041 gttgctgctc tgttaagctg actccagcga agatacaact atagttatag ttacgttcat 4130101 cattcaggca ataactaacg ttattcttat taccatatgg catacaatat tgagagaagt 4130161 catccgcaat aacattatca gtaccagcag ttccagctaa agcatcggtt gccccaagaa 4130221 caaacattga cgctaaagcc aagattgcta tgttacgcat caaataattc ctcgctttct 4130281 cgaacagtac tattcgatgt cagtgcggat cactataacc ctgctgctgc aaactagcgt 4130341 cagagcatgt aaaagaacgt aaagttatgg aatagcaaag tttgttatcg tattttgctc 4130401 tcggaggaag aaaac 目的基因atgca taaaatctta ttagttgatg atgaccgtga actgacatcg 4130461 ctattaaaag agttgctcga gatggaagga ttcactgttg tgctcgctca tgatggcgaa 4130521 caggcattac aatatatcga ttcttcaatc gatctgctac tactggatat catgatgcca 4130581 cgtaaaaacg gcattgagac actaaaagag ctacgacaag accatcagac tcccgttatt 4130641 atgctaacgg cccgtggaag cgatttagac cgtgttctgg ggttagaact gggtgctgat 4130701 gattatcttc ctaagccgtt caatgatcgt gaactggtgg cccgtatacg tgcgatcctg 4130761 cgccgttcca actggagcga acaacaggct gatagtggga cacctgtact cgaggtcgat 4130821 aaactacagc tcaaccctgg gcggcaggaa gccagctttg acggtacaat tttggatctt 4130881 accggaacag aattcaccct gctttattta ttagcgcaac atttaggaca agtcgtttcc 4130941 cgcgaacact tgagtcagga agtcttggga aaacggttga caccctttga cagagccatt 4131001 gatatgcata tttccaacct gcgccgtaaa ttgccgaacc ggactgacga gttaccttgg 4131061 tttaagacat tacgcggtcg tggatactta atggtctctg caaaatga 下游tc aatagtttga 4131121 cagcccgtat ttttgcgatt ttctggctta cactggcgct cgtcctgatg gtggccttga 4131181 tggcaccaaa actggattca cggcaattga caccgctgtt ggacagtgaa tatcaacagg 4131241 gcatcatact cgcgaaacag atagaaaaag agttaacccg ctaccctgct aatgaactgt 4131301 tttggtggct acgactggat cgcgcaattg caaagtggac gccgccgggg caacttttac 4131361 tgctcgttac cagtgaagga cgtatcgttg atatccagac cagtgaaaag caggttgtcc 4131421 gtaacttcat tggtcaatcc aataatgcag atcatcccaa gaagaagaaa tatggtcgct 4131481 ctgaaatact cgggcccttt tctatccgcg atggtgaaga tcactaccag ctttacctca 4131541 ttaggcccgc aggtagcccc cagtctgact ttattaactt aatgtttgac cgaccccttt 4131601 tattacct |
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小丹木木: 金幣+3, 鼓勵應助，很熱心哦 2012-06-08 14:15:02
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要分3步： 1. PCR上游： UPstream-Forward：GACCGCAGCCTCATCAAAATTCG UPstream-Reverse：ATACGGGCTGTCAAACTATTGAGTTTTCTTCCTCCGAGAGC 2. PCR下游： LOWstream-Forward：GCTCTCGGAGGAAGAAAACTCAATAGTTTGACAGCCCGTAT LOWstream-Reverse：AGGTAATAAAAGGGGTCGGTCAA 3. 兩個PCR片段分別回收，再合并作為模板，再用 UPstream-Forward: GACCGCAGCCTCATCAAAATTCG LOWstream-Reverse: AGGTAATAAAAGGGGTCGGTCAA 兩個引物擴增。即可以得到你要的除去目的基因的上下游片段。 PCR產(chǎn)物連入載體，測序后即可。 希望有用！ |
5樓2012-06-08 14:00:54
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謝啦，再小點的話引物怎么設計啊？？？300-500bp，最有效果的哦，期待啊 7樓2012-06-08 15:22:32
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yuzhiming
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【答案】應助回帖
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小丹木木: 金幣+3, MolEPI+1, 熱心積極的蟲蟲，灰常歡迎來到分子版 2012-06-09 13:40:20
蟈蟈1988: 金幣+10, ★有幫助 2012-06-14 16:32:22
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1. PCR上游： UPstream-Forward：ACAAACATTGACGCTAAAGCC UPstream-Reverse：ATACGGGCTGTCAAACTATTGAGTTTTCTTCCTCCGAGAGC UPstream 產(chǎn)物序列（218bp）： ACAAACATTGACGCTAAAGCCAAGATTGCTATGTTACGCATCAAATAATTCCTCGCTTTCTCGAACAGTACTATTCGATGTCAGTGCGGATCACTATAACCCTGCTGCTGCAAACTAGCGTCAGAGCATGTAAAAGAACGTAAAGTTATGGAATAGCAAAGTTTGTTATCGTATTTTGCTCTCGGAGGAAGAAAACTCAATAGTTTGACAGCCCGTAT 2. PCR下游： LOWstream-Forward：GCTCTCGGAGGAAGAAAACTCAATAGTTTGACAGCCCGTAT LOWstream-Reverse：CAAAACAGTTCATTAGCAGGGTA LOWstream 產(chǎn)物序列(215bp) GCTCTCGGAGGAAGAAAACTCAATAGTTTGACAGCCCGTATTTTTGCGATTTTCTGGCTTACACTGGCGCTCGTCCTGATGGTGGCCTTGATGGCACCAAAACTGGATTCACGGCAATTGACACCGCTGTTGGACAGTGAATATCAACAGGGCATCATACTCGCGAAACAGATAGAAAAAGAGTTAACCCGCTACCCTGCTAATGAACTGTTTTG 3. 兩個PCR片段分別回收，再合并作為模板，再用： UPstream-Forward: ACAAACATTGACGCTAAAGCC LOWstream-Reverse: CAAAACAGTTCATTAGCAGGGTA 兩個引物擴增。即可以得到你要的除去目的基因的上下游片段。 UP+LOW stream產(chǎn)物序列（392 bp）： ACAAACATTGACGCTAAAGCCAAGATTGCTATGTTACGCATCAAATAATTCCTCGCTTTCTCGAACAGTACTATTCGATGTCAGTGCGGATCACTATAACCCTGCTGCTGCAAACTAGCGTCAGAGCATGTAAAAGAACGTAAAGTTATGGAATAGCAAAGTTTGTTATCGTATTTTGCTCTCGGAGGAAGAAAACTCAATAGTTTGACAGCCCGTATTTTTGCGATTTTCTGGCTTACACTGGCGCTCGTCCTGATGGTGGCCTTGATGGCACCAAAACTGGATTCACGGCAATTGACACCGCTGTTGGACAGTGAATATCAACAGGGCATCATACTCGCGAAACAGATAGAAAAAGAGTTAACCCGCTACCCTGCTAATGAACTGTTTTG PCR產(chǎn)物（392bp）連入載體，測序后即可。中間去除了目標基因！ |
9樓2012-06-09 11:00:18
yuzhiming
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10樓2012-06-15 07:22:09
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