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糾結(jié)了很久的關于克隆文庫的問題
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大家好，我現(xiàn)在做了細菌的16s rDNA文庫。 對于那個文庫的覆蓋率計算，一直都好糾結(jié)： 我舉例說明哈，請教大家?guī)兔纯矗?br /> 樣品1，我挑了200個克隆子，然后200個克隆子經(jīng)檢驗是陽性克隆子之后做酶切，根據(jù)酶切圖譜的不同譜型，我把這兩百個克隆子分成了85個otu，然后每個otu里面就挑了一個克隆子去測序，測得了85個序列。這85個序列經(jīng)過NCBI去載體序列，去除嵌合體，最后剩下76個序列，也就是有9個嵌合體序列被去除了，那這9個嵌合體序列在之前的85個otu中包括的克隆子是不是也要一并去除呢？ 剩下的76個序列用軟件進行了otu的劃分，得到了新的測序序列的otu組合，那我是不是要把前面酶切分的這些測序序列的otu里面的克隆子根據(jù)軟件劃分的測序序列的otu重新組合呢？ 那覆蓋率是按照測序序列劃分的otu進行計算，以測序序列數(shù)目也就是76為基數(shù)，還是以重新整合后總的克隆子數(shù)，也就是200減去嵌合體及與嵌合體為同一個otu的克隆子數(shù)為基數(shù)呢？ |
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zhongzhen
銅蟲 (初入文壇)
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2樓2015-10-09 15:27:48
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