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銅蟲 (正式寫手)

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[求助] 分子動力學(xué)模擬問題

請教各位大俠，在進(jìn)行分子動力學(xué)模擬之前，大家一般采用什么軟件對大的生物分子進(jìn)行能量最小化，還有就是進(jìn)行蛋白質(zhì)中某些氨基酸突變?yōu)槠渌陌被岬臅r候，如何對獲得的突變后的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化的，我對這個突變后的體系進(jìn)行優(yōu)化，但是其某個原子上的力的數(shù)值為無限大，而勢能也為很大的正值，這事什么原因呢，還有就是我在模擬的過程中發(fā)現(xiàn)的問題是，在進(jìn)行產(chǎn)出模擬研究的時候，模擬盒子的體積逐漸變小，這與搜最初進(jìn)行設(shè)定的邊長是不相符合的，這是什么原因造成的？還有就是gromacs中的genbox程序使用始終不能獲得中性體系的原因是什么，不管怎么加離子不能獲得中性體系，這是由于加入離子存在著上限的原因造成的嗎
對于上面的問題，我該如何解決呢？請各位大俠幫幫我吧！

在此，首先表示我誠摯的謝意！

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1樓 2012-06-23 13:13:16

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匿名

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chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-23 22:50:26

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2樓2012-06-23 18:29:12

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滄海扶搖

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chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-06-25 08:58:59

模擬盒子的體積逐漸變小，有可能是因為你2優(yōu)化結(jié)構(gòu)的同時還選擇了優(yōu)化

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達(dá)人觀物外之物，思身后之身！

3樓2012-06-24 23:15:05