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湖人湖人

鐵桿木蟲 (小有名氣)

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[求助] 請幫忙編寫一個perl程序處理文本(提取GI號) 已有1人參與

現(xiàn)在我碰到這樣一個問題，我有一個文本文件1.txt，是Blastx的結(jié)果，內(nèi)容如下：
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2
gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4
gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167
gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289
。。。。。。
后面還有很多序列，總共大概3M左右。
現(xiàn)在想提取前面核酸序列的GI號：gi|293567070，gi|293567065。。。輸出為txt文本，其中重復(fù)的只輸出一個，
另外，再輸出一個文本，提取后面蛋白序列的GI號：gi|219980050，gi|388506924。。。重復(fù)的也是只輸出一個。
各位大蝦，請問怎樣編寫一個perl程序處理上面的問題��？謝謝了！

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求助一個perl 使用svg，最好要中文的。謝謝！已經(jīng)有1人回復(fù)

1樓 2012-06-25 11:57:12

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longwen36

鐵桿木蟲 (正式寫手)

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用正則表達(dá)式吧，規(guī)律一樣的話。用matlab我會。

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2樓2012-06-25 12:49:44

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christina1213

木蟲 (正式寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
湖人湖人: 金幣+10, ★有幫助, 用Excel刪除重復(fù)項 2012-06-25 21:57:16
xzhdty: 金幣+1, 謝謝 2012-06-26 06:19:02
湖人湖人: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-06-26 21:02:39

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open (IN, "<1.txt"

;
open (OUT, ">>out.txt"

;

while (my $line= {
my @cut=split("|gb|",$line);
print OUT $cut[0]."\n";
}
close IN;
close OUT;
去重的話用EXCEL吧，一下就搞定了，不用寫程序。

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3樓2012-06-25 20:04:52

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libralibra

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

python的解法:正則+map數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)應(yīng)該是最簡單的.
不知道perl有沒有map類似的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu).
正則提取數(shù)據(jù),map去重

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matlab/VB/python/c++/Java寫程序請發(fā)QQ郵件:790404545@qq.com

4樓2012-06-26 00:04:46

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mycaas

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

cat 1.txt |perl -ne 'chomp;while(/(gi\|\d+)/g){print "$1\n";}' |sort |uniq

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5樓2012-06-27 00:59:46

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wx8359166

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必須正則表達(dá)式啊

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6樓2012-06-29 16:39:02

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湖人湖人

鐵桿木蟲 (小有名氣)

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謝謝樓上各位的回復(fù)和幫助！對perl程序不太懂，只會簡單的運行而已。
根據(jù)2樓的程序和提醒，現(xiàn)在問題基本解決了。謝謝各位！

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7樓2012-06-30 21:11:33

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bovine

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【答案】應(yīng)助回帖

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
open FH,'<','C:\Users\Administrator\Desktop\1.txt' or die "Cannot open this file $!";
open OUT, '>>','C:\Users\Administrator\Desktop\2.txt';
print OUT "核酸gi\t\t蛋白gi\n";
while (<FH>

{
chomp;
push my @cut, split("gb",$_);
foreach (@cut){
if (m/^(gi\|\d+\|)/){
print OUT $1."\t";
}elsif (m/(gi\|\d+\|)/){
print OUT $1."\n";
}
}
}
close FH;
close OUT;

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8樓2013-11-05 22:38:18

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rongren

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【答案】應(yīng)助回帖

#!/usr/bin/perl -w
open IN,"<1.txt";
my (@nuclearacid,@protein,@nuclearacidnew,@proteinnew);
my %hash;
while (<IN>

{
my @abc=split /\|gb\|/,$_;
push @nuclearacid,$abc[0];
my @def=split /,/,$abc[1];
push @protein,$def[1];
}
close IN;
open OUT1,">out1.txt";
foreach  (@nuclearacid) {
print OUT1 "$_\n" unless $hash{$_}++;
}
close OUT1;
open OUT2,">out2.txt";
foreach  (@protein) {
print OUT2 "$_\n" unless $hash{$_}++;
   }
close OUT2;

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9樓2014-07-21 21:32:55

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