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請幫忙編寫一個perl程序處理文本(提取GI號) 已有1人參與
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現(xiàn)在我碰到這樣一個問題，我有一個文本文件1.txt，是Blastx的結(jié)果，內(nèi)容如下： gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0 gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2 gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4 gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167 gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289 。。。。。。 后面還有很多序列，總共大概3M左右。 現(xiàn)在想提取前面核酸序列的GI號：gi|293567070，gi|293567065。。。輸出為txt文本，其中重復的只輸出一個， 另外，再輸出一個文本，提取后面蛋白序列的GI號：gi|219980050，gi|388506924。。。重復的也是只輸出一個。 各位大蝦，請問怎樣編寫一個perl程序處理上面的問題啊？謝謝了！ |
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#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open (IN, "<1.txt"  ;open (OUT, ">>out.txt" ;while (my $line= my @cut=split("|gb|",$line); print OUT $cut[0]."\n"; } close IN; close OUT; 去重的話用EXCEL吧，一下就搞定了，不用寫程序。 |
3樓2012-06-25 20:04:52
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【答案】應助回帖
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#!/usr/bin/perl -w use strict; open FH,'<','C:\Users\Administrator\Desktop\1.txt' or die "Cannot open this file $!"; open OUT, '>>','C:\Users\Administrator\Desktop\2.txt'; print OUT "核酸gi\t\t蛋白gi\n"; while (<FH> {chomp; push my @cut, split("gb",$_); foreach (@cut){ if (m/^(gi\|\d+\|)/){ print OUT $1."\t"; }elsif (m/(gi\|\d+\|)/){ print OUT $1."\n"; } } } close FH; close OUT; |
8樓2013-11-05 22:38:18
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【答案】應助回帖
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#!/usr/bin/perl -w open IN,"<1.txt"; my (@nuclearacid,@protein,@nuclearacidnew,@proteinnew); my %hash; while (<IN> {my @abc=split /\|gb\|/,$_; push @nuclearacid,$abc[0]; my @def=split /,/,$abc[1]; push @protein,$def[1]; } close IN; open OUT1,">out1.txt"; foreach (@nuclearacid) { print OUT1 "$_\n" unless $hash{$_}++; } close OUT1; open OUT2,">out2.txt"; foreach (@protein) { print OUT2 "$_\n" unless $hash{$_}++; } close OUT2; |
9樓2014-07-21 21:32:55
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