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湖人湖人鐵桿木蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)幫忙編寫一個(gè)perl程序處理文本(提取GI號(hào)) 已有1人參與
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現(xiàn)在我碰到這樣一個(gè)問題，我有一個(gè)文本文件1.txt，是Blastx的結(jié)果，內(nèi)容如下： gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,33.96,106,70,0,406,723,256,361,5e-014,72.0 gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,30.43,161,107,3,244,711,28,188,7e-013,68.2 gi|293567070|gb|FS329526.1|FS329526,gi|219980050|emb|CAX06392.1|,32.31,130,84,2,334,711,180,309,1e-012,67.4 gi|293567065|gb|FS329521.1|FS329521,gi|388506924|gb|AFK41528.1|,42.27,220,115,1,107,766,67,274,9e-043, 167 gi|293567064|gb|FS329520.1|FS329520,gi|388510998|gb|AFK43565.1|,80.84,167,32,0,239,739,16,182,1e-079, 289 。。。。。。 后面還有很多序列，總共大概3M左右。 現(xiàn)在想提取前面核酸序列的GI號(hào)：gi|293567070，gi|293567065。。。輸出為txt文本，其中重復(fù)的只輸出一個(gè)， 另外，再輸出一個(gè)文本，提取后面蛋白序列的GI號(hào)：gi|219980050，gi|388506924。。。重復(fù)的也是只輸出一個(gè)。 各位大蝦，請(qǐng)問怎樣編寫一個(gè)perl程序處理上面的問題�。恐x謝了！ |
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libralibra
至尊木蟲 (著名寫手)
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4樓2012-06-26 00:04:46
longwen36
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2樓2012-06-25 12:49:44
christina1213
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#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open (IN, "<1.txt"  ;open (OUT, ">>out.txt" ;while (my $line= my @cut=split("|gb|",$line); print OUT $cut[0]."\n"; } close IN; close OUT; 去重的話用EXCEL吧，一下就搞定了，不用寫程序。 |
3樓2012-06-25 20:04:52
mycaas
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5樓2012-06-27 00:59:46
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