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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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zxy964777869

銅蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
金幣: 9.5
散金: 2251
紅花: 8
帖子: 501
在線: 900.4小時
蟲號: 1355217
注冊: 2011-07-25
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

[求助] NVE系綜的初始構(gòu)型

我的一個體系，跑完NVT達到溫度平均值300K，跑完NPT，壓力平均值為1bar,RMSD值為800多。我用NPT模擬產(chǎn)生的gro文件，作為NVE模擬的初始文件，跑完之后發(fā)現(xiàn)在NVE的整個模擬過程中，壓力呈一條直線，至為-240bar.
這是NVE的輸出信息
Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Temperature                300.006 0.00092 5.29188  0.0049759  (K)

Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Pres. DC                -214.126       0       0 4.45431e-11  (bar)
我懷疑是NPT模擬中壓力是上下震動的（從RMSD看出），雖然壓力平均值為1bar,但它產(chǎn)生的npt.gro文件實際上不是壓力為1bar時的構(gòu)型，體積不是壓力為1bar時的應(yīng)有體積，所以導(dǎo)致NVE模擬中壓力不是1bar。
不知各位高手是否遇到過這種情況，可否指點一二，金幣不多，聊表心意，謝謝。

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1樓 2012-07-12 13:25:00

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

sheva7love

銅蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 231.4
帖子: 57
在線: 97.2小時
蟲號: 1458206
注冊: 2011-10-24
專業(yè): 傳熱傳質(zhì)學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-07-13 18:04:37

NPT壓力在平衡值附近上下波動是正常的，其平衡后的構(gòu)型可以反映該壓力下體系的密度和體積了。
我覺得不是初始構(gòu)型的問題，應(yīng)該是NVE模擬中的問題。

贊一下

回復(fù)此樓

修身齊家治國平天下

2樓2012-07-13 10:18:56