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zxy964777869銅蟲 (正式寫手)
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[求助]
NVE系綜的初始構型
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我的一個體系，跑完NVT達到溫度平均值300K，跑完NPT，壓力平均值為1bar,RMSD值為800多。我用NPT模擬產(chǎn)生的gro文件，作為NVE模擬的初始文件，跑完之后發(fā)現(xiàn)在NVE的整個模擬過程中，壓力呈一條直線，至為-240bar. 這是NVE的輸出信息 Energy Average Err.Est. RMSD Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- Temperature 300.006 0.00092 5.29188 0.0049759 (K) Energy Average Err.Est. RMSD Tot-Drift ------------------------------------------------------------------------------- Pres. DC -214.126 0 0 4.45431e-11 (bar) 我懷疑是NPT模擬中壓力是上下震動的（從RMSD看出），雖然壓力平均值為1bar,但它產(chǎn)生的npt.gro文件實際上不是壓力為1bar時的構型，體積不是壓力為1bar時的應有體積，所以導致NVE模擬中壓力不是1bar。 不知各位高手是否遇到過這種情況，可否指點一二，金幣不多，聊表心意，謝謝。 |
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sheva7love
銅蟲 (小有名氣)
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2樓2012-07-13 10:18:56
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