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tzaixmc木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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細(xì)菌基因組文庫(kù)構(gòu)建的相關(guān)問(wèn)題
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目前想要用質(zhì)粒pUCM-T建一個(gè)2-6kb的細(xì)菌基因組的質(zhì)粒文庫(kù)。實(shí)驗(yàn)室沒(méi)人做過(guò),啥也不懂,望高手出來(lái)解答一下。謝謝! 1. 質(zhì)粒載體酶切后要先切膠回收,再用CIAP處理完后再用切膠回收嗎? 2. 2-6kb的回收片段和末端磷酸化的載體連接時(shí)加入量多少比較合適?有人說(shuō)按DNA載體和外源片斷以6:1的摩爾比,那要分別加多少夠做一次轉(zhuǎn)化? 3. 如果我想建這個(gè)庫(kù)要8000的克隆,那我如果一次轉(zhuǎn)化只有500個(gè)怎么辦?是多做累積到8000個(gè)還是一次多做幾管連接轉(zhuǎn)化累計(jì)到8000個(gè)克? 4. 對(duì)構(gòu)建出來(lái)的文庫(kù)我想用池的方式保存。我想要提取里面的質(zhì)粒轉(zhuǎn)化打另外一株菌中做活性檢測(cè),那這個(gè)質(zhì)粒提取我是直接提取一個(gè)池的質(zhì)粒,還是從這個(gè)池里接種一點(diǎn)到新的培養(yǎng)基中,培養(yǎng)起來(lái)再做轉(zhuǎn)化? 望高手出來(lái)解答一下啊,非常感謝! |
微生物生態(tài)學(xué) | functional genomics |
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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1.載體質(zhì)粒你先切膠回收,之后CIAP,最后直接溶液回收就可以了。 2.關(guān)于連接體系,一般做10ul吧,黏性末端采用T4連接酶吧,我一般體現(xiàn)為:1ul 10Xbuffer,1ul 酶,0.5-1ul 載體,剩余的全加目的片段補(bǔ)足至10ul。10ul連接體系轉(zhuǎn)化一管,你的轉(zhuǎn)化效率有點(diǎn)低,我一般連接一管10ul能長(zhǎng)幾千個(gè)吧。要是不夠的話,你就多連接幾管,多作幾個(gè)轉(zhuǎn)化。 3.關(guān)于池保存,你可以將池洗下來(lái)的菌,添加適量培養(yǎng)基搖勻(我一般搖5-8h,轉(zhuǎn)速高些)后取一些菌提質(zhì)粒,也可以按你說(shuō)的,待洗下來(lái)菌液的搖勻后,轉(zhuǎn)接一些從新?lián)u菌提質(zhì)粒。 |

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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載體和目的片段的濃度沒(méi)準(zhǔn)確測(cè)過(guò),也就簡(jiǎn)單跑了下核酸電泳。一般來(lái)說(shuō),目的片段與載體的摩爾比例在10:1比較合適。你的意思是,目的片段比載體多,連接不完全吧?,假設(shè)這樣說(shuō),10ng DNA就完全包含你的所有DNA多樣性了,連接時(shí)加1000ng DNA,是比載體多了很多,但是你的每個(gè)目的多樣性DNA就有100個(gè)參與連接,這樣你的覆蓋完整率就很高了。 |

鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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