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新手用試劑盒提取植物RNA時的一些小問題
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這兩天剛開始接觸植物RNA提取,用的試劑盒,有些小問題不是很清楚,看看大家都是怎么處理的。 1.液氮研磨樣品到什么程度? 我磨到細(xì)粉發(fā)白,中途加了5-6次液氮,每次5-6ml,很快就揮發(fā)了,基本上一直都在磨。 2.如何把樣品移到離心管中? 離心管用液氮遇冷過,小勺也遇冷過,但是舀到離心管時,發(fā)現(xiàn)小勺進不去,不方便把細(xì)粉送進離心管,很多粘在了管口或者離心管接近管口的壁上。 3.如何界定移入的量不超過100mg? 100mg的細(xì)粉,大概有多少?我用2ml 離心管,高度大概5mm,不知道量合適不? 4.加入裂解液后渦旋,然后再加入0.5倍體積乙醇,在渦旋,有技術(shù)竅門嗎? 都渦旋,還是手拿著來回?fù)u搖就可以了。 5.勻漿移入吸附柱后會否堵住柱子? 這個問題與界定樣品的量有關(guān)系,離心之后把吸附柱上都是材料殘渣,會不會有影響? |
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RNA提取原理: 通過變性劑破碎細(xì)胞或者組織,然后經(jīng)過氯仿等有機溶劑抽提RNA,再經(jīng)過沉淀,洗滌,晾干,最后溶解。但是由于RNA酶無處不在,隨時可能將RNA降解,所以實驗中有很多地方需要注意,稍有疏忽就會前功盡棄。 RNA提取的一般步驟 所有RNA的提取過程中都有五個關(guān)鍵點,即:樣品細(xì)胞或組織的有效破碎;有效地使核蛋白復(fù)合體變性;對內(nèi)源RNA酶的有效抑制;有效地將RNA從DNA 和蛋白混合物中分離;對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質(zhì)的有效除去。但其中最關(guān)鍵的是抑制RNA酶活性。RNA的提取目前階段主要可采用兩種途徑:提取總核酸,再用氯化鋰將RNA沉淀出來;直接在酸性條件下抽提,酸性下DNA與蛋白質(zhì)進入有機相而RNA留在水相。 第一種提取方法將導(dǎo)致小分子量RNA的丟失,目前該方法的使用頻率已很低。 實驗步驟: 破碎組織→分離RNA→沉淀RNA→洗滌RNA→融解RNA→保存RNA。 1、 破碎組織和滅活RNA酶可以同步進行,可以用鹽酸胍、硫氰酸胍、NP-40、SDS、蛋白酶K等破碎組織,加入β-ME可以抑制RNA酶活性。 2、 分離RNA一般用酚、氯仿等有機溶劑,加入少量異戊醇,經(jīng)過此步,離心,RNA一般分布于上層,與蛋白層分開。 3、 沉淀RNA一般用乙醇、3M NaAc(pH-5.2)或異丙醇。 4、 洗滌RNA使用70%乙醇洗滌,有時,為避免RNA被洗掉,此步可以省掉,洗滌之后可以晾干或者烤干乙醇,但是不能過于干燥,否則不易溶解。 5、 融解RNA一般使用TE。 6、保存RNA應(yīng)該盡量低溫。為了防止痕量RNase的污染,從富含RNase的樣品(如胰臟、肝臟)中分離到的RNA需要貯存在甲醛中以保存高質(zhì)量的 RNA,對于長期貯存更是如此。從大鼠肝臟中提取的RNA,在水中貯存一個星期就基本降解了,而從大鼠脾臟中提取的RNA,在水中保存3年仍保持穩(wěn)定。另外,長度大于4kb的轉(zhuǎn)錄本對于痕量RNase的降解比小轉(zhuǎn)錄本更敏感。為了增加貯存RNA樣品的穩(wěn)定性,可以將RNA溶解在去離子的甲酰胺中,存于- 70℃。用于保存RNA的甲酰胺一定不能含有降解RNA的雜物。來源于胰臟的RNA至少可以在甲酰胺中保存一年。當(dāng)準(zhǔn)備使用RNA時,可以使用下列方法沉淀RNA:加入NaAc至0.3M,12,000×g離心5分鐘。 氯化鋰法提取總RNA: 本方法用高濃度尿素變性蛋白并抑制RNA酶,用氯化鋰選擇沉淀RNA,其特別適合于從大量樣品中提取少量組織RNA,具有快速簡潔的長處,但也存在少量DNA的污染及RNA得率不高,小RNA丟失的缺陷。 試驗試劑: 1、 氯化鋰/尿素溶液【氯化鋰126g(3M) 尿素、360g(6M) 加水至1L,過濾滅菌】 2、 懸浮液【10mM? Tris-HCL (pH7.6) ,1mM? EDTA (pH8,0) ,0.5%SDS】 試驗步驟: 1、 對于大量組織或細(xì)胞,則每克組織或細(xì)胞加入5-10ml氯化鋰-尿素溶液,勻槳器高速勻槳2分鐘;對于少量細(xì)胞(107個細(xì)胞/ml),則每克組織或細(xì)胞加入0.5ml氯化鋰-尿素溶液手工勻槳,并轉(zhuǎn)移至Eppendof管中。 2、 勻槳液在0-4℃放置4小時后,12000g離心30分鐘。 3、 取沉淀,加入原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液,重復(fù)步驟2。 4、 沉淀用原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液復(fù)溶后,加入等體積酚/氯仿/異戊醇在室溫放置15-30分鐘并不時搖動混勻,4000g離心5分鐘。 5、 取上層水相,加1/10倍體積的3M乙酸鈉(pH5.2)及2倍體積的乙醇,-20℃放置1小時,5000g離心。 6、 70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。 7、 RNA溶解液溶解沉淀,得RNA,分裝,于-70℃保存。 蛋白酶-熱酚法-本方法適合于病毒RNA的提取 試驗試劑: 1、 蛋白酶K(終濃度50ug/ml) 2、 2×緩沖液:1%SDS 20mMTris-HCL (pH 7.6)? 0.2MnaCL 試驗步驟: 1、 提純病毒液中加入等體積緩沖液、蛋白酶K,37℃40-50分鐘。 2、 加入等體積65℃預(yù)熱的酚溶液,輕徭,在65℃保溫5分鐘后再輕徭。 3、 離心,取上清,氯仿抽提一次。 4、 取上層水相,加1/10倍體積的3M乙酸鈉(pH5.2)及2倍體積的乙醇,-20℃放置1小時,5000g離心(10000g,10min)。 5、 70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。 6、 RNA溶解液溶解沉淀,得RNA,分裝,于-70℃保存。 |




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