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bisimai1025銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
急求序列結(jié)構(gòu)分析
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| 實(shí)驗線粒體DNA序列拼接出來了，要分析基因序列的結(jié)構(gòu)（編碼基因，tRNA基因和rRNA基因）但是我不知道用什么軟件去分析~~求好心人幫忙！ |
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wizardfan
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補(bǔ)充2樓忘記的引用網(wǎng)址 http://news.biox.cn/content/200812/20081201133723_21115.shtml [ Last edited by wizardfan on 2012-8-17 at 08:47 ] |
3樓2012-08-17 08:20:32
hanxiaoyang0 
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Antheprot：蛋白質(zhì)序列分析軟件包ANTHEPROT 4.5是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。 Applied Biosystems Primer Express：這是ABI公司銷售附送的軟件，可用于設(shè)計引物和探針，尤其適用于熒光PCR探針的設(shè)計，可以精確計算寡核苷酸與熒光基團(tuán)鰲合后的Tm值�？梢灶A(yù)測引物與引物之間與模板之間等的二級結(jié)構(gòu)。 Artemis R5：A DNA sequence viewer and annotation tools，一個DNA序列查看器與注釋工具，可以以圖形形式查看序列的各種分析結(jié)果與特性，程序讀取EMBL與GENBANK格式的序列與純DNA序列。以Java寫成，需要安裝JRE1.2。 BioEdit是一個序列編輯器與分析工具軟件，功能非常強(qiáng)大，使用十分容易。功能包括：序列編輯、外掛分析程序、RNA分析、尋找特征序列、支持超過20000個序列的多序列文件、基本序列處理功能、質(zhì)粒圖繪制等等。 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫或DNA數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫進(jìn)行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對一種對相似性的統(tǒng)計說明。BLAST對一條或多條序列(可以是任何形式的序列)在一個或多個核酸或蛋白序列庫中進(jìn)行比對。BLAST還能發(fā)現(xiàn)具有缺口的能比對上的序列。 BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上發(fā)表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列數(shù)據(jù)庫中對查詢序列進(jìn)行同源性比對工作。從最初的BLAST發(fā)展到現(xiàn)在NCBI提供的BLAST2.0,已將有缺口的比對序列也考慮在內(nèi)了。BLAST可處理任何數(shù)量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可選擇多個數(shù)據(jù)庫但數(shù)據(jù)庫必須是同一類型的,即要么都是蛋白數(shù)據(jù)庫要么都是核酸數(shù)據(jù)庫。所查詢的序列和調(diào)用的數(shù)據(jù)庫則可以是任何形式的組合,既可以是核酸序列到蛋白庫中作查詢,也可以是蛋白序列到蛋白庫中作查詢,反之亦然。 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產(chǎn)生36種比對陣列。 Clone：與primer同屬一類軟件，軟件，綠色，無需安裝�？蛇M(jìn)行酶切圖譜分析，質(zhì)粒描繪。 Clustal X 用來對核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比較（multiple sequence alignment）的軟件。多序列比較在分子生物學(xué)中是一個基本方法，用來發(fā)現(xiàn)特征序列，進(jìn)行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測新序列二級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)，確定PCR引物，以及在分子 進(jìn)化分析方面均有很大幫助，Clustal X很適合這些方面的要求。 DNAClub： DNA Club是一個簡單的對DNA進(jìn)行與PCR有關(guān)的操作的軟件。它的功能有： 1、輸入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻譯成蛋白序列； 4、查找酶切位點(diǎn)； 5、查找PCR引物序列。 功能雖然都很簡單，但非常實(shí)用，一般的用戶都可以很方便地使用。 DNAMan：綜合分析軟件，可進(jìn)行限制酶分析，引物設(shè)計，對排（aligment）,翻譯，數(shù)據(jù)庫操作，Blast，序列裝配（Sequence assembly）。 |
2樓2012-08-16 10:42:21
bisimai1025
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bisimai10255樓2012-08-17 16:25:49
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