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yiha新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
lammps 原子散開(kāi)
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各位好： 請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題，采用LAMMPS做模擬時(shí)，對(duì)初始結(jié)構(gòu)各個(gè)原子的坐標(biāo)位置是否必須在所建立的盒子的內(nèi)？比如說(shuō)盒子尺寸x，y，z方向尺寸都為（0,10），周期性邊界，對(duì)盒子中的某一水分子，其中一H原子坐標(biāo)為（-0.6,3.2,9.3），O原子（0,3.7,9.5），另一H原子（0.6,3.2,9.3），運(yùn)行后，這三個(gè)原子的坐標(biāo)對(duì)應(yīng)為H (9.3，3.2,9.3），O（10.1,3.7，9.5），H（0.8,3.2,9.2），就是說(shuō)運(yùn)行后這個(gè)水分子分開(kāi)了，一H原子位于盒子左側(cè)，另兩個(gè)原子位于盒子右側(cè)，當(dāng)將盒子尺寸改為（-1,10）時(shí)，同樣的條件運(yùn)行后，這個(gè)水分子顯示正常，請(qǐng)問(wèn)出現(xiàn)這種情況，是怎么回事？是否初始結(jié)構(gòu)各個(gè)原子的坐標(biāo)位置必須在所建立的盒子的內(nèi)？還是和運(yùn)行過(guò)程有關(guān)？ |
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2樓2012-08-24 10:44:11
yiha
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3樓2012-08-24 10:51:53
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4樓2012-08-24 11:04:16
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