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[求助]
lammps 原子散開
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各位好： 請教一個問題，采用LAMMPS做模擬時，對初始結(jié)構(gòu)各個原子的坐標(biāo)位置是否必須在所建立的盒子的內(nèi)？比如說盒子尺寸x，y，z方向尺寸都為（0,10），周期性邊界，對盒子中的某一水分子，其中一H原子坐標(biāo)為（-0.6,3.2,9.3），O原子（0,3.7,9.5），另一H原子（0.6,3.2,9.3），運行后，這三個原子的坐標(biāo)對應(yīng)為H (9.3，3.2,9.3），O（10.1,3.7，9.5），H（0.8,3.2,9.2），就是說運行后這個水分子分開了，一H原子位于盒子左側(cè)，另兩個原子位于盒子右側(cè)，當(dāng)將盒子尺寸改為（-1,10）時，同樣的條件運行后，這個水分子顯示正常，請問出現(xiàn)這種情況，是怎么回事？是否初始結(jié)構(gòu)各個原子的坐標(biāo)位置必須在所建立的盒子的內(nèi)？還是和運行過程有關(guān)？ |
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3樓2012-08-24 10:51:53
2樓2012-08-24 10:44:11
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