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lammps 原子散開
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各位好: 請教一個問題,采用LAMMPS做模擬時,對初始結(jié)構(gòu)各個原子的坐標位置是否必須在所建立的盒子的內(nèi)?比如說盒子尺寸x,y,z方向尺寸都為(0,10),周期性邊界,對盒子中的某一水分子,其中一H原子坐標為(-0.6,3.2,9.3),O原子(0,3.7,9.5),另一H原子(0.6,3.2,9.3),運行后,這三個原子的坐標對應為H (9.3,3.2,9.3),O(10.1,3.7,9.5),H(0.8,3.2,9.2),就是說運行后這個水分子分開了,一H原子位于盒子左側(cè),另兩個原子位于盒子右側(cè),當將盒子尺寸改為(-1,10)時,同樣的條件運行后,這個水分子顯示正常,請問出現(xiàn)這種情況,是怎么回事?是否初始結(jié)構(gòu)各個原子的坐標位置必須在所建立的盒子的內(nèi)?還是和運行過程有關(guān)? |
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