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lpz610金蟲 (初入文壇)
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[求助]
用NAMD軟件做SMD時一些問題
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1對于SMD拉伸時間的設置問題，有沒有一些設置依據，還是根據自己的嘗試情況得到的結果估計設置，參照文獻中的時間自己感覺未完成SMD模擬； 2假設SMD模擬設定的時間是1ns,但是0.5ns就完成模擬，那么多余的設置時間是否會對結果造成影響，或者說在模擬已經完成后會報錯，或者出現其他提示之類的； 3如果恒速SMD模擬完成后，體系的總能量，勢能，動能會有怎樣的變化，是否維持在一個恒定值還是其他情況。 4自己做的一個體系第一次設定的時間是1.5ns,SMD模擬過程中未出錯，但是自己感覺模擬未完成，所以重新設定了2.5ns,在2ns時出錯，錯誤提示如下: ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 607! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Exiting prematurely; see error messages above. 在生成的log 文件中剛開始的時候有幾個warning,不知道是否這個會影響結果，不過自己是按材料設定的參數。Warning: The following variables were set in the Warning: configuration file but will be ignored: Warning: langevinTemp (Langevin) Warning: langevinDamping (Langevin) Warning: langevinHydrogen (Langevin) 如果有做這個方向的同學請多多指教，不勝感激！ |
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wally8962
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lpz610
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3樓2012-11-09 09:02:40
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