 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 779 | 回復(fù): 2 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
lpz610金蟲 (初入文壇)
|
[求助]
用NAMD軟件做SMD時一些問題
|
||
|
1對于SMD拉伸時間的設(shè)置問題，有沒有一些設(shè)置依據(jù)，還是根據(jù)自己的嘗試情況得到的結(jié)果估計設(shè)置，參照文獻中的時間自己感覺未完成SMD模擬； 2假設(shè)SMD模擬設(shè)定的時間是1ns,但是0.5ns就完成模擬，那么多余的設(shè)置時間是否會對結(jié)果造成影響，或者說在模擬已經(jīng)完成后會報錯，或者出現(xiàn)其他提示之類的； 3如果恒速SMD模擬完成后，體系的總能量，勢能，動能會有怎樣的變化，是否維持在一個恒定值還是其他情況。 4自己做的一個體系第一次設(shè)定的時間是1.5ns,SMD模擬過程中未出錯，但是自己感覺模擬未完成，所以重新設(shè)定了2.5ns,在2ns時出錯，錯誤提示如下: ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 607! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Exiting prematurely; see error messages above. 在生成的log 文件中剛開始的時候有幾個warning,不知道是否這個會影響結(jié)果，不過自己是按材料設(shè)定的參數(shù)。Warning: The following variables were set in the Warning: configuration file but will be ignored: Warning: langevinTemp (Langevin) Warning: langevinDamping (Langevin) Warning: langevinHydrogen (Langevin) 如果有做這個方向的同學(xué)請多多指教，不勝感激！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子模擬 |
» 猜你喜歡
275求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
083000學(xué)碩274求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
【求調(diào)劑】085601材料工程專碩 | 總分272 |
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
0856，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程，267求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
295材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 關(guān)于NAMD初學(xué)者有幾個問題求解答？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 關(guān)于NAMD mpi并行問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】NAMD模擬結(jié)果寫論文有版權(quán)問題嗎
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】namd tutorial遇到問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】NAMD安裝問題
已經(jīng)有19人回復(fù)
lpz610
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 884.5
- 帖子: 8
- 在線: 156.9小時
- 蟲號: 1831297
- 注冊: 2012-05-23
- 性別: MM
- 專業(yè): 化學(xué)計量學(xué)與化學(xué)信息學(xué)
3樓2012-11-09 09:02:40
wally8962
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 5366.7
- 紅花: 2
- 帖子: 1062
- 在線: 471.1小時
- 蟲號: 600024
- 注冊: 2008-09-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物力學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵交流 2012-11-07 20:32:17
lpz610: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-11-09 09:01:55
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵交流 2012-11-07 20:32:17
lpz610: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-11-09 09:01:55
|
1 首先是根據(jù)你的計算能力，你的計算機能跑多長時間；其次是根據(jù)物理實際，生理/實驗條件下的速度 2 MD軟件沒那么智能，是否完成，是否有影響都靠你自己判斷 3 這些量取決于你的系綜 4 warning是你的設(shè)置有問題，langevin溫控沒用起來 error可能是你的某些參數(shù)設(shè)置有問題，導(dǎo)致模擬處于不穩(wěn)定的邊緣 |
2樓2012-11-07 19:25:29
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +10 | jjjjjjjjjjl 2026-03-27 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 起個名咋這么難 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | Sanmu-124 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑推薦 材料 304 +14 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +8 | 超級伊昂大王 2026-03-24 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 雨清天晴 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大071010，316分求調(diào)劑 +3 | xgbiknn 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | hanamiko 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +7 | 蛋黃咸肉粽 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 一志愿 本科 北科大 化學(xué) 343 +6 | 13831862839 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 白QF 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 309求調(diào)劑 +4 | gajsj 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 347求調(diào)劑 +4 | L when 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +6 | 奶油草莓. 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理085500機械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3 | an10101 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[有機交流]
 有機合成求助
 20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[論文投稿] 急發(fā)核心期刊論文 +3 | 賢達問津 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調(diào)劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|