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lpz610金蟲 (初入文壇)
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[求助]
用NAMD軟件做SMD時(shí)一些問題
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1對于SMD拉伸時(shí)間的設(shè)置問題，有沒有一些設(shè)置依據(jù)，還是根據(jù)自己的嘗試情況得到的結(jié)果估計(jì)設(shè)置，參照文獻(xiàn)中的時(shí)間自己感覺未完成SMD模擬； 2假設(shè)SMD模擬設(shè)定的時(shí)間是1ns,但是0.5ns就完成模擬，那么多余的設(shè)置時(shí)間是否會(huì)對結(jié)果造成影響，或者說在模擬已經(jīng)完成后會(huì)報(bào)錯(cuò)，或者出現(xiàn)其他提示之類的； 3如果恒速SMD模擬完成后，體系的總能量，勢能，動(dòng)能會(huì)有怎樣的變化，是否維持在一個(gè)恒定值還是其他情況。 4自己做的一個(gè)體系第一次設(shè)定的時(shí)間是1.5ns,SMD模擬過程中未出錯(cuò)，但是自己感覺模擬未完成，所以重新設(shè)定了2.5ns,在2ns時(shí)出錯(cuò)，錯(cuò)誤提示如下: ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 607! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Exiting prematurely; see error messages above. 在生成的log 文件中剛開始的時(shí)候有幾個(gè)warning,不知道是否這個(gè)會(huì)影響結(jié)果，不過自己是按材料設(shè)定的參數(shù)。Warning: The following variables were set in the Warning: configuration file but will be ignored: Warning: langevinTemp (Langevin) Warning: langevinDamping (Langevin) Warning: langevinHydrogen (Langevin) 如果有做這個(gè)方向的同學(xué)請多多指教，不勝感激！ |
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wally8962
木蟲 (著名寫手)
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lpz610: 金幣+10, ★★★很有幫助 2012-11-09 09:01:55
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1 首先是根據(jù)你的計(jì)算能力，你的計(jì)算機(jī)能跑多長時(shí)間；其次是根據(jù)物理實(shí)際，生理/實(shí)驗(yàn)條件下的速度 2 MD軟件沒那么智能，是否完成，是否有影響都靠你自己判斷 3 這些量取決于你的系綜 4 warning是你的設(shè)置有問題，langevin溫控沒用起來 error可能是你的某些參數(shù)設(shè)置有問題，導(dǎo)致模擬處于不穩(wěn)定的邊緣 |
2樓2012-11-07 19:25:29
lpz610
金蟲 (初入文壇)
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