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鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
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#PBS -N gromacs ## Submit to specified nodes: #PBS -l nodes=2:ppn=16 #PBS -j oe #PBS -l walltime=1000:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` ## using openmpi through infiniband source /public/software/mpi/openmpi1.4-gnu.sh GRO_HOME=/public/software/md/gromacs/gromacs405-openmpi ${GRO_HOME}/bin/grompp -f grompp.mdp -c conf.gro -p topol.top -po mygro_out.mdp -o mygro.tpr mpirun -np $ NP -machinefile $ PBS_NODEFILE $ {GRO_HOME}/bin/mdrun -s mygro.tpr -c conf.gro -o mygro.trr -g mygro.log -e mygro.ene |
2樓2012-11-19 15:16:26
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鄧芳
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