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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調劑公告

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zyj8119

木蟲 (著名寫手)

模擬EPI: 10
應助: 65 (初中生)
貴賓: 0.003
金幣: 915.1
散金: 1440
紅花: 35
帖子: 2936
在線: 1329.4小時
蟲號: 664177
注冊: 2008-11-29
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學

[求助] gromacs的腳本運行錯誤

PBS Job Id: 6693.cluster.hpc.org
Job Name: GROMACS
An error has occurred processing your job, see below.
Post job file processing error; job 6693.cluster.hpc.org on host compute-0-4.local/3+compute-0-4.local/2+compute-0-4.local/1+compute-0-4.local/0Unknown resource type REJHOST=compute-0-4.local MSG=invalid home directory '/home/public' specified, errno=2 (No such file or directory)
腳本內容為：
#!/bin/bash
#PBS -N GROMACS
#PBS -o gromacs.out
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -V

export OMP_NUM_THREADS=4

GROMACS_PATH=/opt/gromacs

GROMACS_ARGS="-nice 0 -v -cpt 5 -s md.tpr -deffnm gromacs_linux -g linux_gromacs -c 2ns.gro"

source $GROMACS_PATH/bin/GMXRC.bash

cd $PBS_NODEFILE
echo "-- begin SMP run --"
grompp ${GROMPP_ARGS}

mdrun -nt ${OMP_NUM_THREADS} ${GROMACS_ARGS}

echo "-- end SMP run --"

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好好學習，天天向上。

1樓 2011-07-05 18:07:57

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

dubo

金蟲 (著名寫手)

模擬EPI: 1
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專業(yè): 高分子組裝與超分子結構

【答案】應助回帖

★ ★ ★
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-07-07 15:45:37
zyj8119(金幣+10): 謝謝回復。。。 2011-07-08 19:47:50
zyj8119(金幣+10): 再給你吧。。。 2011-07-11 09:52:38

我記得，你問過這個問題吧
說以前這個腳本可以，現(xiàn)在就不可以了
這個現(xiàn)象一般就是你的這個節(jié)點（機器）所設置的環(huán)境變量等的配置，跟以前不一樣了。
如果你沒修改過任何系統(tǒng)文件的話，就先重新啟動機器，看看

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回復此樓

2樓2011-07-07 10:08:26

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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