版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進行實名認證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進行手機號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

zyj8119

木蟲 (著名寫手)

模擬EPI: 10
應(yīng)助: 65 (初中生)
貴賓: 0.003
金幣: 915.1
散金: 1440
紅花: 35
帖子: 2936
在線: 1329.4小時
蟲號: 664177
注冊: 2008-11-29
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

[求助] gromacs的腳本運行錯誤

PBS Job Id: 6693.cluster.hpc.org
Job Name: GROMACS
An error has occurred processing your job, see below.
Post job file processing error; job 6693.cluster.hpc.org on host compute-0-4.local/3+compute-0-4.local/2+compute-0-4.local/1+compute-0-4.local/0Unknown resource type REJHOST=compute-0-4.local MSG=invalid home directory '/home/public' specified, errno=2 (No such file or directory)
腳本內(nèi)容為：
#!/bin/bash
#PBS -N GROMACS
#PBS -o gromacs.out
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -V

export OMP_NUM_THREADS=4

GROMACS_PATH=/opt/gromacs

GROMACS_ARGS="-nice 0 -v -cpt 5 -s md.tpr -deffnm gromacs_linux -g linux_gromacs -c 2ns.gro"

source $GROMACS_PATH/bin/GMXRC.bash

cd $PBS_NODEFILE
echo "-- begin SMP run --"
grompp ${GROMPP_ARGS}

mdrun -nt ${OMP_NUM_THREADS} ${GROMACS_ARGS}

echo "-- end SMP run --"

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

求調(diào)劑有機化學(xué)考研356分已經(jīng)有4人回復(fù)
0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分已經(jīng)有4人回復(fù)
086000生物與醫(yī)藥調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
305求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
348求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
332求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
各位老師好，我的一志愿為北京科技大學(xué)085601材料專碩已經(jīng)有6人回復(fù)
085600 材料與化工 329分求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
356求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿武漢理工，總分321，英一數(shù)二，求老師收留。已經(jīng)有7人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

Gromacs中，mdrun出錯已經(jīng)有5人回復(fù)
在gromacs中運行mdrun命令時出錯已經(jīng)有10人回復(fù)
求Gromacs中Glycam力場數(shù)據(jù)包。。非常感謝已經(jīng)有5人回復(fù)
gromacs 運行pdb2gmx中出錯，pdb2gmx: error while loading shared libraries 已經(jīng)有3人回復(fù)
[新手求教]安裝Gromacs后，查看pdb2gmx命令，顯示無此命令已經(jīng)有9人回復(fù)
在網(wǎng)上求助計算化學(xué)問題時的注意事項-Sobereva 已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】這是我安裝gromacs過程，但是出錯阿，這個怎么辦呢？謝謝已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助】gromacs的又一個問題已經(jīng)有22人回復(fù)
【求助】gromacs出現(xiàn)了一個問題已經(jīng)有10人回復(fù)
【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道已經(jīng)有50人回復(fù)
【求助】Gromacs 教程上speptide 運行不了已經(jīng)有7人回復(fù)
【求助】NAMD和Gromacs哪個簡單？已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】求GROMACS模擬表面活性劑在油水表面的行為的例子已經(jīng)有7人回復(fù)

好好學(xué)習，天天向上。

1樓 2011-07-05 18:07:57

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

dubo

金蟲 (著名寫手)

模擬EPI: 1
應(yīng)助: 23 (小學(xué)生)
貴賓: 0.779
金幣: 569.2
散金: 3220
紅花: 31
沙發(fā): 1
帖子: 1821
在線: 349.5小時
蟲號: 559371
注冊: 2008-05-17
性別: GG
專業(yè): 高分子組裝與超分子結(jié)構(gòu)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-07-07 15:45:37
zyj8119(金幣+10): 謝謝回復(fù)。。。 2011-07-08 19:47:50
zyj8119(金幣+10): 再給你吧。。。 2011-07-11 09:52:38

我記得，你問過這個問題吧
說以前這個腳本可以，現(xiàn)在就不可以了
這個現(xiàn)象一般就是你的這個節(jié)點（機器）所設(shè)置的環(huán)境變量等的配置，跟以前不一樣了。
如果你沒修改過任何系統(tǒng)文件的話，就先重新啟動機器，看看

贊一下(1人)