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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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WJ-MS

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[求助] LAMMPS運行結(jié)果出現(xiàn)nan

改寫了一段小的程序，運行計算的時候，屏幕上熱力學輸出都只顯示nan，見附圖，這是怎么回事阿？

Screenshot.png

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1樓 2012-12-07 11:12:56

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jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-12-09 23:11:22
WJ-MS: 金幣+7, ★★★很有幫助 2012-12-17 09:23:36

引用回帖:

5樓: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-09 14:28:05
3d NaCl melt

units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style charge

region regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box 2 regbox
create_atoms 1 random 106 16 regbox units bo ...

create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
create_atoms 2 random 106 16 regbox units box

可能問題出在這了，兩種粒子都是random分布的，有的可能重合在一起了。所以能量變得無窮大。

在第一次run之前minimize一下。

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9樓2012-12-09 22:19:11

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jiaoyixiong

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【答案】應助回帖

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感謝參與，應助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+1, 謝謝 2012-12-11 21:30:01
WJ-MS: 金幣+3, ★★★很有幫助 2012-12-17 09:26:38

我記得這樣是初始模型建立的好不引起的。還有把你的 in文件貼出來，讓大家看看

你有木有先進行能量最小化？

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2樓2012-12-07 14:04:29

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★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2012-12-08 20:08:34

初始構(gòu)型的問題，在run之前先minimize一下。

http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html

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3樓2012-12-08 04:58:17

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tracel

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【答案】應助回帖

★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+2, 鼓勵交流 2012-12-08 20:08:51

如前幾樓說的，構(gòu)型不好，導致能量太大，超出了lammps所能記錄的數(shù)字大小。

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4樓2012-12-08 19:47:03

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WJ-MS

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-07 14:04:29
我記得這樣是初始模型建立的好不引起的。還有把你的 in文件貼出來，讓大家看看

你有木有先進行能量最小化？

3d NaCl melt

units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style charge

region regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box 2 regbox
create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
create_atoms 2 random 106 16 regbox units box
mass 1 23.0
mass    2 35.5
set type 1 charge 1.0
set type 2 charge -1.0

pair_style born/coul/long 10.0 8.0
pair_coeff 1 1 0.2640625 0.317 2.340 1.05 0.5
pair_coeff 1 2 0.21125 0.317 2.755 7 8.6875
pair_coeff 2 2 0.1584375 0.317 3.170 72.5 145.625
kspace_style ewald 1.0e-5

neighbor 0.1 bin
neigh_modify every 5 delay 0 check no
timestep 0.005

compute       1 all msd

velocity all create 1073.0 87287 dist gaussian

run             0

thermo          5000

thermo_style    custom step etotal temp c_1[4]
thermo_modify flush yes

dump          1 all custom 100000 dump.* id type x y z
dump          2 all cfg 100000 a*.cfg id type xs ys zs
dump_modify 1 element Na1 Cl2

fix             1 all npt temp 1073 1073 4 aniso 0 0 4

run             500000

unfix          1

fix             1 all nvt temp 1073 1073 0.1 drag 0.2

run             500000

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5樓2012-12-09 21:28:05

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3樓: Originally posted by Bessel at 2012-12-08 04:58:17
初始構(gòu)型的問題，在run之前先minimize一下。

http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html

好的我試一試哈

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6樓2012-12-09 21:28:52

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4樓: Originally posted by tracel at 2012-12-08 19:47:03
如前幾樓說的，構(gòu)型不好，導致能量太大，超出了lammps所能記錄的數(shù)字大小。

我回復了2樓in文件了，麻煩幫我看看呢，哪兒出了問題了……新手上路，還請多多直接哈

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7樓2012-12-09 21:30:56

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新手上路，還請多多指教呀�。。�

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8樓2012-12-09 21:31:27

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★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-12-12 11:02:20

引用回帖:

9樓: Originally posted by Bessel at 2012-12-09 22:19:11
create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
create_atoms 2 random 106 16 regbox units box

可能問題出在這了，兩種粒子都是random分布的，有的可能重合在一起了。所以能量變得無窮大。
...

樓上所言甚是！

如果我沒有理解錯的話，樓主是想模擬氯化鈉晶體的融化吧？

如果是這樣的話，你的模型貌似有問題，
create_atoms 1 random 106 16 regbox units box
這個命令建立的原子位置是隨機的。而氯化鈉晶體中氯和鈉的位置可不是這樣的。你得根據(jù)晶體類型和晶格常數(shù)來生成初始位置吧？？？

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WJ-MS

10樓2012-12-09 23:14:20

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