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ottolzm木蟲 (正式寫手)
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[求助]
NAMD模擬后同源建模計(jì)算RMSD的問題
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| 我的問題是：已知T的三級(jí)結(jié)構(gòu)，但是在T的N端添加了4-10個(gè)氨基酸的蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)未知，因此用namd模擬獲得了10個(gè)氨基酸+T的三級(jí)結(jié)構(gòu)的模擬，之后想利用這個(gè)模擬獲得的三級(jí)結(jié)構(gòu)作為模板，進(jìn)行4-9個(gè)氨基酸+T的三級(jí)結(jié)構(gòu)的模擬，利用naMD和easy modeller 2.0進(jìn)行了分子模擬，產(chǎn)生的pdb結(jié)構(gòu)要做評(píng)估，以及要展現(xiàn)給別人的時(shí)候，需要提供哪些模擬后計(jì)算的結(jié)果，除了Cα-C distance，RMSD，RMSF外，還需要哪些？我通過VMD對(duì)模擬后的結(jié)構(gòu)和原始的晶體結(jié)構(gòu)的PDB結(jié)構(gòu)進(jìn)行了rmsd的計(jì)算，計(jì)算結(jié)果為20，這個(gè)也太大了，是不是利用VMD計(jì)算的rmsd是整體蛋白質(zhì)的rmsd，真是的rmsd是不是需要用所模擬的蛋白質(zhì)的氨基酸數(shù)目做一個(gè)平均，(我的目的蛋白質(zhì)的氨基酸數(shù)目為227)？ |
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2樓2012-12-10 09:02:40
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