 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1335 | 回復(fù): 1 | ||||
ottolzm木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
NAMD模擬后同源建模計算RMSD的問題
|
| 我的問題是：已知T的三級結(jié)構(gòu)，但是在T的N端添加了4-10個氨基酸的蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)未知，因此用namd模擬獲得了10個氨基酸+T的三級結(jié)構(gòu)的模擬，之后想利用這個模擬獲得的三級結(jié)構(gòu)作為模板，進行4-9個氨基酸+T的三級結(jié)構(gòu)的模擬，利用naMD和easy modeller 2.0進行了分子模擬，產(chǎn)生的pdb結(jié)構(gòu)要做評估，以及要展現(xiàn)給別人的時候，需要提供哪些模擬后計算的結(jié)果，除了Cα-C distance，RMSD，RMSF外，還需要哪些？我通過VMD對模擬后的結(jié)構(gòu)和原始的晶體結(jié)構(gòu)的PDB結(jié)構(gòu)進行了rmsd的計算，計算結(jié)果為20，這個也太大了，是不是利用VMD計算的rmsd是整體蛋白質(zhì)的rmsd，真是的rmsd是不是需要用所模擬的蛋白質(zhì)的氨基酸數(shù)目做一個平均，(我的目的蛋白質(zhì)的氨基酸數(shù)目為227)？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 NAMD |
» 猜你喜歡
299求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿北京理工大學(xué)本科211材料工程294求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
招收生物學(xué)/細胞生物學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
調(diào)劑求院校招收
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
調(diào)劑310
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 分子模擬時間越長越好嗎？
已經(jīng)有44人回復(fù)
- 【求助】各位好：我按照NAMD tutorial做出來的RMSD圖沒有tutorial漂亮
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】分子對接，同源模建，分子動力學(xué)軟件介紹帖
已經(jīng)有35人回復(fù)
2樓2012-12-10 09:02:40
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 ottolzm 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +7 | 江辭666 2026-03-26 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +8 | Li李魚 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 071000生物學(xué)求調(diào)劑，初試成績343 +7 | 小小甜面團 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | QiMing7 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +6 | HanBeiNingZC 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085701環(huán)境工程求調(diào)劑 +9 | 多久上課 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +8 | 小木蟲085600 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海理工能源動力（085800）310分求調(diào)劑 +3 | zhangmingc 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +10 | 722865 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料292調(diào)劑 +12 | 橘頌思美人 2026-03-23 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 劉柯@ 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +9 | 上岸吧ZJY 2026-03-22 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑323材料與化工 +7 | 1124361 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 359求調(diào)劑 +4 | 王了個楠 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 325求調(diào)劑 +3 | Aoyijiang 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +17 | RichLi_ 2026-03-25 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥292求調(diào)劑 +6 | 小小陳小小 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑 +4 | 17501029541 2026-03-23 | 6/300 |
|