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xufund至尊木蟲 (知名作家)
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[求助]
晶體復(fù)合物1xpb中的RNA和DNA怎么除去
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| 要做分子對接，但復(fù)合物結(jié)構(gòu)中含有DNA，RNA不知如何除去，特請教大家。謝謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2013-03-26 09:46:10
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2013-03-26 09:46:10
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我不知道你說的1xpb是不是在protein data bank上的1xpb，如果是的話，這個結(jié)構(gòu)里面除了水和硫酸根外，其它就只剩下蛋白質(zhì)的氨基酸序列。應(yīng)該沒有其它的復(fù)合物了。但是如果你說的不是那個的話，那我就不清楚了。 mgltools左邊邊欄的dashboard里首先顯示的是1xpb，你點(diǎn)擊1xpb邊上的箭頭表示，會顯示更具體的結(jié)構(gòu)，一般是chain 的信息，一條chain一般就A，多條的話就A，B或者X，Y什么的。再進(jìn)去就是氨基酸系列了。 |
3樓2012-12-21 19:29:03
lrf1980
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-20 08:21:33
xufund: 金幣+2, ★★★很有幫助, 謝謝指點(diǎn)。不過我試了一下，它顯示的大約有0-10個目錄，打開后都是三個字母表示的東西，也搞不清楚哪個是RNA，哪個是DNA片段。能否再詳細(xì)點(diǎn)撥一下？ 2012-12-20 21:26:11
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-12-20 08:21:33
xufund: 金幣+2, ★★★很有幫助, 謝謝指點(diǎn)。不過我試了一下，它顯示的大約有0-10個目錄，打開后都是三個字母表示的東西，也搞不清楚哪個是RNA，哪個是DNA片段。能否再詳細(xì)點(diǎn)撥一下？ 2012-12-20 21:26:11
| 如果是mgltools的話，在左邊的分子信息欄里面，如果你展開這個分子的話，所有的氨基酸序列，溶劑，配體信息都會顯示出來。把你的DNA，RNA對應(yīng)的片段選中，然后在edit里面選中delete selected atoms就好了。 |
2樓2012-12-19 20:37:21
xufund
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4樓2012-12-22 07:59:25
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-03-26 09:46:20
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-03-26 09:46:20
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http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1xbp 你應(yīng)該仔細(xì)看看pdb上每個鏈的介紹，結(jié)構(gòu)里看，沒有人可以看得出來。另外如果你不知道哪個是的話，你應(yīng)該多查查文獻(xiàn)，這個軟件只是幫你看結(jié)構(gòu)的。 |
5樓2012-12-22 10:12:07
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