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牧雪長(zhǎng)空銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
gromacs無(wú)法生成gro文件
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| 為什么我用pdb2gmx后，只生成了top文件，而沒(méi)有生成gro文件呢？ |
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 Gromacs |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
牧雪長(zhǎng)空: 金幣+4, ★★★★★最佳答案, 謝謝你 2013-01-22 17:04:28
牧雪長(zhǎng)空: 金幣+4, ★★★★★最佳答案, 謝謝你 2013-01-22 17:04:28
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最后的這句話“我的這個(gè)pdb是非生物分子的礦物晶體結(jié)構(gòu)文件” 才是重點(diǎn)， 使用pdb2gmx 的前提條件是你所選擇的力場(chǎng)文件里，有你要轉(zhuǎn)換文件的拓?fù)湫畔ⅲ?br /> Fatal error: Residue ' ' not found in residue topolgy database. 這里也有提示，也就是說(shuō)庫(kù)里沒(méi)有你這個(gè)礦物晶體的拓?fù)浜蛥?shù)文件，所以轉(zhuǎn)換不成功。 |
4樓2013-01-22 14:06:12
2樓2013-01-21 16:08:19
牧雪長(zhǎng)空
銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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謝謝你回復(fù)我。 pdb2gmx_d -f caco3.pdb -o conf.gro -p topol.top 這是我的完整輸入命令，這個(gè)命令之后，會(huì)提示我選擇力場(chǎng)，以及水模型，我依次選的9，1。處理后，有提示，Warning: Starting residue 1 in chain not identified as Protein/RNA/DNA. Problem with chain definition, or missing terminal residues. This chain does not appear to contain a recognized chain molecule。 Fatal error: Residue ' ' not found in residue topolgy database. 然后我查看一下，發(fā)現(xiàn)就只有top文件，不知是否跟力場(chǎng)選擇有關(guān)，可是昨天我把力場(chǎng)試了個(gè)遍，未果。。。我的這個(gè)pdb是非生物分子的礦物晶體結(jié)構(gòu)文件。 |
3樓2013-01-22 12:38:22
牧雪長(zhǎng)空
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5樓2013-01-22 19:26:22
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