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dayanxiang木蟲 (正式寫手)
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[求助]
細(xì)菌親緣關(guān)系疑問
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| 請問同一種不同菌株的16S rDNA 序列有沒有可能相似性只有87%？通常情況下沒有，有沒有特例，比如某些功能類群，非常感謝！ |
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tianhome
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【答案】應(yīng)助回帖
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zhangxingc: 金幣+5, 很好的應(yīng)助 2013-03-20 09:20:18
dayanxiang: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-20 22:47:56
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dayanxiang: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-20 22:47:56
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一般情況下，同一種，不同菌株之間的差異絕對 不會(huì)超過4%！ 因?yàn)榘凑諊H上的菌種分類學(xué)來講，當(dāng)兩個(gè)菌株的16S rDNA的blast差異性超過了4%的時(shí)候，我們就可以進(jìn)行生理生化測定，判定該菌株是否是新的小種。如果超過了8%的時(shí)候，基本上就可以判定兩個(gè)菌株不是同一個(gè)小種。如果超過了10%，我們就會(huì)認(rèn)為是其他小種，兩個(gè)菌株之間的差異性橫豎不可能超過4%。這個(gè)基本上是一個(gè)默認(rèn)的規(guī)矩。 |
3樓2013-03-20 08:31:10
lmhzy1987
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4樓2013-03-20 21:20:58
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