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dayanxiang木蟲 (正式寫手)
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[求助]
細(xì)菌親緣關(guān)系疑問
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| 請(qǐng)問同一種不同菌株的16S rDNA 序列有沒有可能相似性只有87%？通常情況下沒有，有沒有特例，比如某些功能類群，非常感謝！ |
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liujianmin68
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【答案】應(yīng)助回帖
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一般情況下，同一種，不同菌株之間的差異絕對(duì) 不會(huì)超過4%！ 因?yàn)榘凑諊?guó)際上的菌種分類學(xué)來講，當(dāng)兩個(gè)菌株的16S rDNA的blast差異性超過了4%的時(shí)候，我們就可以進(jìn)行生理生化測(cè)定，判定該菌株是否是新的小種。如果超過了8%的時(shí)候，基本上就可以判定兩個(gè)菌株不是同一個(gè)小種。如果超過了10%，我們就會(huì)認(rèn)為是其他小種，兩個(gè)菌株之間的差異性橫豎不可能超過4%。這個(gè)基本上是一個(gè)默認(rèn)的規(guī)矩。 |
3樓2013-03-20 08:31:10
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8樓2013-03-21 11:01:37
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變異的可能性不大。變異必須在具備變異的條件下才會(huì)發(fā)生。打個(gè)比方：當(dāng)菌體暴露在紫外線下面的時(shí)候，AT堿基發(fā)生水合反應(yīng)，生成水合胸腺嘧啶。CG堿基發(fā)生點(diǎn)突變，生成C=C或者G=G的形式的錯(cuò)配。如果沒有諸如紫外線、γ射線、其他類型的輻射源存在，同時(shí)沒有使用氯化銫、亞硝酸鹽環(huán)境的右邊，或者其他非常劇烈的惡劣環(huán)境的誘導(dǎo)，一般菌體，尤其是細(xì)菌，在冰箱的冷藏環(huán)境下，是很難發(fā)生突變反應(yīng)的。 故此，我認(rèn)為有兩點(diǎn)可能： 1：你送去測(cè)序的序列。如果是你自己PCR反應(yīng)后，獲取的16S rDNA序列，那么，你在設(shè)計(jì)引物的時(shí)候，是直接選取了國(guó)際上 已經(jīng)公布的引物序列，還是自己設(shè)計(jì)的？如果是自己設(shè)計(jì)的，那么，你的設(shè)計(jì)可能并不是嚴(yán)格按照保守區(qū)域設(shè)計(jì)的。如果是用的國(guó)際上公布的簡(jiǎn)并引物，那么，有可能是在測(cè)序的時(shí)候做了一個(gè)反應(yīng)，造成反應(yīng)不完全，你可以再次測(cè)序，這次你要求測(cè)序公司給你測(cè)通。 2：如果上述的一切步驟都沒有存在疑問。那么，唯一的可能就是菌體除了問題。要么，你買菌種的地方低溫冷凍干燥過程中沒有試駕合理的保護(hù)劑，造成具體DNA片段丟失。要么就是，那么郵寄的時(shí)候搞錯(cuò)了。因?yàn)閷?duì)方的菌體庫(kù)往往是同一菌種、相似菌種放在同一個(gè)庫(kù)里面，你問問對(duì)方給你郵寄的時(shí)候有沒有搞錯(cuò)。 3：如果以上都沒有問題，那么，就是菌體真的發(fā)生了污染現(xiàn)象，這種污染有可能是菌體融合或者吞噬的過程。這個(gè)可能微乎其微！除非你運(yùn)氣好到爆棚，這樣的情況足夠發(fā)一篇6以上的微生物文章了。這就是一個(gè)全新菌種了！ 你檢查過以上內(nèi)容之后，告訴我一聲原因是什么。  |
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dayanxiang9樓2013-03-21 13:38:52
dayanxiang
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10樓2013-03-22 00:20:44
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