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xdr金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
關(guān)于結(jié)構(gòu)（confined layer）和優(yōu)化后結(jié)果文件中能量參數(shù)的兩個(gè)問(wèn)題
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請(qǐng)教： 1.用ms建立一個(gè)confined layer，layer nomal along按默認(rèn)值C，建模之后做了個(gè)能量最小化，然后就發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)六個(gè)面都有原子穿過(guò)，包括垂直于C方向的兩個(gè)面。 問(wèn)，confined layer其實(shí)是二維周期吧，為什么在非周期性邊界那個(gè)方向也會(huì)有原子跑到外邊呢？這是正常的嗎？怎么解釋呢？ 2.我優(yōu)化了一個(gè)結(jié)構(gòu)，之后查看里邊的txt文件時(shí)，發(fā)現(xiàn)這樣一句話 ---- Energy parameters ---- Forcefield : COMPASS Electrostatic terms: …… van der Waals terms: …… 9 inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters. “inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters”這個(gè)是什么原因，該怎么辦呢？ |
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2樓2013-03-20 17:44:34
sunboyccc
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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3樓2013-03-20 18:32:53
xdr
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4樓2013-03-21 10:26:58
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