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xdr金蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于結(jié)構(gòu)（confined layer）和優(yōu)化后結(jié)果文件中能量參數(shù)的兩個問題
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請教： 1.用ms建立一個confined layer，layer nomal along按默認(rèn)值C，建模之后做了個能量最小化，然后就發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)六個面都有原子穿過，包括垂直于C方向的兩個面。 問，confined layer其實是二維周期吧，為什么在非周期性邊界那個方向也會有原子跑到外邊呢？這是正常的嗎？怎么解釋呢？ 2.我優(yōu)化了一個結(jié)構(gòu)，之后查看里邊的txt文件時，發(fā)現(xiàn)這樣一句話 ---- Energy parameters ---- Forcefield : COMPASS Electrostatic terms: …… van der Waals terms: …… 9 inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters. “inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters”這個是什么原因，該怎么辦呢？ |
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sunboyccc
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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3樓2013-03-20 18:32:53
xdr
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4樓2013-03-21 10:26:58
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